Bioclipse

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare
Bioclipse
software
Tip Chemoinformatică
Bioinformatica
Dezvoltator Proiectul Bioclipse
Data primei versiuni 17 noiembrie 2005
Ultima versiune 2.2.0 (28 ianuarie 2010 )
Sistem de operare Multiplatform
Limba Java
Licență Licența publică Eclipse
( licență gratuită )
Site-ul web www.bioclipse.net/

Bioclipse este un proiect open source bazat pe Java , o platformă vizuală pentru chemoinformatică și bioinformatică bazată pe platforma Eclipse Rich Client Platform (RCP). [1] Recent a fost adăugată o funcție de scriptare . [2]

Bioclipse utilizează, ca orice aplicație RCP, o arhitectură de plugin care moștenește funcționalitatea de bază și interfețele grafice de la Eclipse, cum ar fi sistemul de ajutor, actualizări de software , preferințe, disponibilitatea multiplataforma etc. Prin intermediul acestor pluginuri, Bioclipse oferă funcționalități adecvate pentru chimioterapie și bioinformatică, precum și puncte de extensie care pot fi ușor extinse de terți, cum ar fi proprietarii, pentru a adăuga funcționalități suplimentare.

Prima versiune stabilă a Bioclipse include un plugin CDK pentru a oferi un backend chemoinformatic, un plugin Jmol pentru vizualizare 3D și un plugin BioJava pentru analiza secvenței. Bioclipse a fost dezvoltat din colaborarea dintre grupul Proteochometric al Universității din Uppsala , Grupul de cercetare Steinbeck al EBI și Departamentul de chimie analitică al Universității din Leiden , dar include extensii dezvoltate și de alte institute academice. [3] Dezvoltarea este susținută de Asociația Internațională Bioclipse. [4]

Notă

  1. ^ Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, P. Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg, Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics , BMC Bioinformatics, 2007 , 8 .
  2. ^ Ola Spjuth, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Martin Eklund, Stefan Kuhn, Carl Mäsak, Gilleain Torrance, Johannes Wagener, Egon L Willighagen, Christoph Steinbeck și Jarl ES Wikberg, Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences , BMC Bioinformatică, 2009 , 10 , DOI : 10.1186 / 1471-2105-10-397
  3. ^ Bioclipse Labs , la wiki.bioclipse.net . Adus la 18 iunie 2010 (arhivat din original la 20 iulie 2011) .
  4. ^ Uppsala University Pressmedelanden: Dubbla utmärkelser för IT / bioteknik-system Arhivat 8 august 2007 la Internet Archive .

linkuri externe