Chemoinformatică
Chemoinformatica este utilizarea computerelor și tehnicilor de informare aplicate la o serie de probleme din domeniul chimiei . Aceste tehnici in silico sunt utilizate de companiile farmaceutice în procesul de descoperire a unor noi medicamente . Aceste metode pot fi folosite și în industria chimică și în industriile conexe, sub diferite alte forme.
Istorie
Termenul de chimioterapie a fost definit de FK Brown [1] [2] în 1998:
( EN ) „Chemoinformatica este amestecul resurselor informaționale pentru a transforma datele în informații și informații în cunoștințe în scopul urmărit de a lua decizii mai rapide mai rapid în domeniul identificării și optimizării plumbului de droguri”. | ( IT ) «Chemoinformatica este combinația acestor resurse informaționale pentru transformarea datelor în informații și a informațiilor în cunoștințe, cu intenția de a lua decizii optime în domeniul construirii și optimizării modelelor de droguri cât mai repede posibil." |
( FK Brown, Capitolul 35. Chemoinformatică: Ce este și cum are impact asupra descoperirii drogurilor ) |
Bazele
Chemoinformatica combină domeniile științifice ale chimiei și informaticii , de exemplu în zona teoriei grafice chimice și extragerea informațiilor din spațiul chimic . [3] [4] Se așteaptă ca spațiul chimic să conțină cel puțin molecule. Chemoinformatica poate fi, de asemenea, aplicată analizei datelor pentru diverse industrii, cum ar fi hârtia , coloranții și industriile conexe.
Aplicații
Depozitare și recuperare
Principala aplicație a chimioterapiei este în stocarea informațiilor privind compușii chimici . Căutarea eficientă a acestor informații stocate include subiecte de informatică , cum ar fi extragerea datelor și învățarea automată . Subiectele legate de cercetare includ:
Tipul fisierului
Reprezentarea in silico a structurilor chimice utilizează formate specializate, cum ar fi limbajul de markup chimic bazat pe XML sau SMILES . Aceste reprezentări sunt adesea folosite pentru stocare în baze de date chimice mari. În timp ce multe formate sunt potrivite pentru reprezentări vizuale în 2 sau 3 dimensiuni, altele sunt mai potrivite pentru studierea interacțiunilor fizice și a modelării moleculare.
Screening virtual
Spre deosebire de screeningul de înaltă performanță , screeningul virtual implică crearea unor biblioteci virtuale in silico mari de compuși, care sunt apoi supuși unui program de andocare pentru a identifica membrii cei mai activi. În unele cazuri, chimia combinatorie este utilizată în dezvoltarea bibliotecilor pentru a crește eficiența extragerii informațiilor din spațiul chimic. Cel mai frecvent, sunt examinate mai multe biblioteci de molecule mici sau produse naturale.
Relația cantitativă structură-activitate (QSAR)
Constă în calcularea valorilor relației cantitative structură-activitate și a relației cantitative structură-proprietate , utilizate pentru a prezice activitatea compușilor în funcție de structurile lor. În acest context, există și o relație puternică cu chimiometria . Sistemele expert sunt, de asemenea, relevante, deoarece reprezintă părți ale cunoștințelor chimice ca reprezentare in silico .
Notă
- ^ FK Brown Capitolul 35. Chemoinformatică: Ce este și cum are impact asupra descoperirii drogurilor . Rapoarte anuale în Med. Chem., Ed. James A. Bristol, 1998, Vol. 33, pp. 375.
- ^ Brown, Frank. Opinie editorială: Chemoinformatics - o actualizare de zece ani Opinia curentă în descoperirea și dezvoltarea drogurilor (2005), 8 (3), 296-302.
- ^ Gasteiger J. (Editor), Engel T. (Editor): Chemoinformatics: A Textbook . John Wiley & Sons, 2004, ISBN 3-527-30681-1
- ^ AR Leach, VJ Gillet: Introducere în chimioinformatică . Springer, 2003, ISBN 1-4020-1347-7
Elemente conexe
- Bioinformatica
- Formatul de fișier chimic
- Chimiogenomică
- Chimie computațională
- Chimie combinatorie
- Analiza datelor
- Chimiometrie
- Andocare (chimie)
- Chimie matematică
- Modelare moleculară
- Industria farmaceutica
- Vizualizare științifică
- Statistici
linkuri externe
- ( EN ) eCheminfo , pe echeminfo.com .
- (EN) cheminformatics.org .
- ( EN ) Glossary Chemoinformatics , at genomicglossaries.com .
- ( EN )The Society of Chemoinformatics and QSAR , pe qsar.org .
Controlul autorității | LCCN (EN) sh2003001403 · GND (DE) 4290091-8 |
---|