Clubul a fost fondat pe 13 decembrie 1955 de soții Ricardo Bentín Mujica și Esther Grande, coproprietari ai fabricii de bere Backus & Johnston, cu numele Club Sporting Cristal Backus , de la numele celei mai bine vândute mărci de bere a grupului în Peru.[2] . Noua companie s-a născut din fuziunea cu Sporting Tabaco, un club din districtul Rímac și deținut de industria tutunului de stat din Peru [3] . Sporting Tabaco a ajuns pe locul al doilea în ligă cel mult de câteva ori și în 1955 a avut probleme economice, astfel încât în octombrie 1955 au început negocierile între Backus și Johnston și partenerii Sporting Tabaco [3] . Negocierile s-au încheiat două luni mai târziu, odată cu nașterea Sporting Cristal, care a moștenit culorile tradiționale, emblema și locul în topul campionatului peruvian [2] .
La debutul în liga peruană, Sporting Cristal a câștigat primul titlu din istoria lor, jucând fotbal bun sub îndrumarea antrenorului chilian Luis Tirado [4] . Acest succes i-a determinat pe jurnaliști să se refere la Sporting Cristal drept el club que nació campeón (clubul care s-a născut campion) [2] . Cinci ani mai târziu, în 1961, a venit cucerirea celui de-al doilea titlu după playoff-ul împotriva Alianza Lima , câștigat cu 2-0 datorită golurilor lui Alberto Ramírez și Alberto Gallardo[5] . În 1968, Backus a fost eliminat de pe nume, care a devenit Club Sporting Cristal , pentru a demonstra independența deplină a clubului față de fabrica de bere [2] . La începutul anului 1970, Sporting Cristal a câștigat încă trei ori campionatul peruan , datorită și golurilor lui Alberto Gallardo , unul dintre cei mai reprezentativi jucători ai clubului. La sfârșitul anilor șaptezeci a venit cucerirea a două campionate consecutive (1979 și 1980), în ambele cazuri câștigate cu o zi în avans [6] .
Perioada de trei ani 1994-1996 a marcat victoria a trei campionate consecutive, prima echipă peruană care a făcut acest lucru în era profesională și adăugarea consecventă a celor trei stele în emblema companiei [2] . Pentru victoriile obținute și pentru cantitatea de joc produsă (să ne amintim de victoria cu 11-1 asupra Defensor Lima în a treisprezecea zi a campionatului din 1994, care se dovedește a fi cea mai mare victorie din campionatul Sporting Cristal [7] ), echipa condusă de Juan Carlos Oblitas a fost redenumită La máquina celeste (mașina cerească) [8] . În 1997 a obținut cea mai bună performanță pe arena internațională cu realizarea finalei Cupei Libertadores[2] , a doua echipă peruană care a făcut acest lucru după Universitate , finalistă în 1972 . Echipa, condusă de antrenorul uruguayan Sergio Markarián , a trecut prima etapă grație locului trei în grupa 4, înainte de a elimina, în ordine, Vélez Sarsfield , Bolívar și Racing Club . În finală, s-a confruntat cu brazilienii din Cruzeiro : după ce au remizat prima manșă acasă, au pierdut manșa secundă cu 1-0 [9] . În următorii ani a menținut poziții de top în Campeonato Descentralizado și a participat continuu la Cupa Libertadores din 1995 până în 2007 , anul în care a fost salvat de la retrogradare doar în ultima zi a campionatului datorită golurilor lui Roberto Palacios . În 2012, după șapte ani de urcușuri și coborâșuri în clasament, Sporting Cristal a revenit la victorie în campionat după ce a învins-o pe Real Garcilaso în finală [10] . S-a repetat în 2014, 2016 și 2018, ajungând la nouăsprezece campionate peruviene câștigate.