Sezonul feminin a început pe 27 noiembrie 1999 și s-a încheiat pe 18 martie 2000. 21 de curse individuale (5 tehnică clasică, 8 tehnică liberă, 6 sprint, 2 urmărire) și 6 curse pe echipe (5 ștafetă, 1 sprint a echipe), în 18 locații diferite. Norvegianul Bente Skari a câștigat atât cupa de cristal, cât și cea de sprint; rusoaicaLarisa Lazutina a câștigat Cupa la distanță, estonaKristina Šmigun-Vähi cea la distanță de mijloc. Skari a fost titularul Cupei Generale.
S-a disputat și o cursă mixtă pe echipe (ștafetă 2x5 km + 2x10 km) și pentru prima dată a fost inclus în calendarul cupei un granfondo clasic: Transjurassienne .