În sezonul 2014, FK Atlantas a jucat în A Lyga , topul campionatului lituanian de fotbal , terminând turneul pe locul trei cu 65 de puncte marcate în 36 de meciuri, rezultatul a 19 victorii, 8 remize și 9 înfrângeri, calificându-se pentru UEFA Europa League 2015-2016 . În toamna anului 2014 a intrat pe teren începând cu runda a patra a Lietuvos Taurė 2014-2015 , ajungând și pierzând finala turneului, care a avut epilogul în sezonul 2015 . Tot în toamna anului 2014 a participat la UEFA Europa League : în prima rundă preliminară i-a eliminat pe luxemburghezii din Differdange într-o revenire, în timp ce în runda a doua preliminară a fost eliminat de kazahii de la Shakhter Karagandy .