NAMD

NAMD ^[1] ( Nanoscale Molecular Dynamics , fostul Not Another Molecular Dynamics Program ) este un software de modelare moleculară scris cu limbajul de programare Charm ++ . Cunoscut pentru eficiența sa în medii de programare paralele, este adesea folosit pentru simulări de sisteme complexe (milioane de atomi).

Istorie

Creat în 1995, din colaborarea Grupului de biofizică teoretică și computațională (TCB) și a Laboratorului de programare paralelă (PPL), ambele din cadrul Universității din Illinois Urbana-Champain, programul este accesibil atât ca program compilat, cât și ca sursă și este freeware pentru utilizări necomerciale către utilizatori, universități și companii, în timp ce este plătit pentru utilizare comercială.

Structura

Pe lângă faptul că are o interfață de linie de comandă, NAMD este renumit pentru interfața sa grafică, VMD, care vă permite să vizualizați, să animați, să analizați structuri moleculare mari direct în 3D. Programul este, de asemenea, compatibil cu alte software-uri majore de simulare (cum ar fi Amber , Charmm și altele), făcându-l puternic și flexibil. Cea mai recentă versiune a programului, în noiembrie 2018, se dovedește a fi 2.13, capabilă să suporte până la 500.000 de nuclee CPU și, de asemenea, capabilă să funcționeze pe gpu datorită limbajelor Cuda și OpenCl .

Notă

Alte proiecte

• Wikimedia Commons conține imagini sau alte fișiere despre NAMD

linkuri externe

• Site oficial , pe ks.uiuc.edu .
• Depozitul sursă NAMD , la gitlab.com .