În sezonul 2012-2013 Levski Sofia a jucat în A PFG , topul campionatului bulgar de fotbal , încheind sezonul pe locul doi cu 71 de puncte câștigate în 30 de zile, rezultatul a 22 de victorii, 5 remize și 3 înfrângeri, fiind depășit în fruntea clasamentului de la Ludogorec în ultima zi a campionatului. Datorită acestei plasări, a fost admis la prima rundă de calificare a UEFA Europa League 2013-2014 . În Kupa na Bălgarija Levski Sofia a ieșit pe teren din runda a doua, ajungând în finala turneului unde a fost învinsă de Beroe după lovituri de pedeapsă . În UEFA Europa League , Levski Sofia a intrat pe teren din turul secund de calificare, fiind imediat eliminat de bosniacii din Sarajevo .