Elvețian-Prot
Swiss-Prot este o bază de date biologică care conține secvențe de proteine . Swiss-Prot a fost creat în 1986 de Amos Bairoch în timpul doctoratului și dezvoltat de Institutul Elvețian de Bioinformatică (SIB) și Institutul European de Bioinformatică (EBI). Obiectivul Swiss-Prot este de a oferi secvențe proteice fiabile însoțite de un număr mare de informații suplimentare, cum ar fi funcția proteinei, domeniile sale funcționale, modificările post-translaționale și orice variante, redundanță minimă și o integrare la nivel înalt cu alte baze de date bioinformatică .
Swiss-Prot și UniProt
În 2002 a fost creat consorțiul UniProt . Este o colaborare între SIB, EBI și Resurse de informații cu privire la proteine (PIR), create de Institutele Naționale de Sănătate . Prin urmare, UniProt s-a născut din fuziunea dintre Swiss-Prot , suplimentul său TrEMBL și baza de date PIR. UniProt este în prezent baza de date care conține cea mai mare cantitate de informații referitoare la proteine [1] .
Consorțiul UniProt a produs trei tipuri diferite de baze de date, fiecare optimizat în funcție de utilizarea cerută. Baza de cunoștințe UniProt ( UniProtKB ) este formată din uniunea Swiss-Prot și TrEMBL . UniProt Non-redundant Reference (UniRef) este capabil să combine secvențe strâns legate într-o singură intrare , pentru a accelera căutarea. Arhiva UniProt (UniParc) este o bază de date cuprinzătoare de secvențe de proteine , care reflectă istoricul tuturor secvențelor de proteine.
Notă
Bibliografie
- Bairoch A. Serendipitatea în bioinformatică, necazurile unui bioinformatician elvețian prin vremuri incitante! Bioinformatica 2000; 16: 48-64. PDF . O relatare istorică a lui Bairoch.
- The UniProt Consortium The Universal Protein Resource (UniProt) în 2010 [1] Nucl. Acids Res. 38: D142-D148 PDF .
linkuri externe
- ( EN ) Baza de date Swiss-Prot Protein (Institutul Elvețian de Bioinformatică)
- ( EN ) UniProt , pe uniprot.org .