Harper a fost ales pe locul 12 în Draftul NFL din 1991 de către Dallas Cowboys pentru a juca alături de Michael Irvin[1] . Punctul culminant al carierei sale a fost probabil în timpul finalei NFC din 1992 împotriva celor de la San Francisco 49ers , când a primit o pasă de 70 de metri, ducându-i pe Cowboys pe linia adversă de 10 metri și sigilând victoria. De asemenea, a primit o pasă de touchdown de 45 de metri de la fundașulTroy Aikman într-o victorie cu 52-17 asupra Buffalo Bills în Super Bowl XXVII . În anul următor, a fost din nou decisiv în finala NFC, când a primit un touchdown de 42 de metri de la fundașul de rezervă Bernie Kosar . Două săptămâni mai târziu a absolvit din nou campionul NFL, învingându-l din nou pe Bills în Super Bowl XXVIII . Cel mai bun an statistic al carierei lui Harper a fost în 1994, când a condus liga cu o medie de 24,9 metri pe recepție, primind 33 de pase, 821 de metri și opt touchdown-uri. Acesta a fost ultimul său an cu Cowboys. A petrecut a doua parte a carierei sale cu Tampa Bay Buccaneers (1995-1996), Washington Redskins (1997) și New Orleans Saints (1997), înainte de a reveni pentru un sezon final la Dallas în 1999.