Clubul a fost fondat în 2002, când Leioa EFT a fost absorbit de Athletic Club[1] . Leioa EFT, care se născuse cu câțiva ani mai devreme, câștigase promovarea la categoria de top în același 2002, astfel încât Athletic Club s-a regăsit direct în Superliga Femenina[1] . Primul sezon al echipei s-a încheiat cu victoria campionatului: jucătorii, conduși de Iñigo Juaristi, au terminat pe primul loc pe puncte egale cu Levante , câștigător al ultimelor două ediții, și câștigând titlul fiind avansați în meciurile directe. [1] . Athletic Club a reușit să se confirme în următoarele două sezoane, devenind prima echipă care a obținut un trofeu deținut [2] . După ce a terminat pe locul cinci în sezonul 2005-2006, Athletic Club a revenit pentru a câștiga campionatul în 2006-2007 , la doar un punct în spatele Espanyol[1] . Datorită acestor succese, Athletic Club a participat la patru ediții ale Cupei feminine UEFA , obținând cel mai bun rezultat în Cupa feminină UEFA 2004-2005, când a ajuns în faza a doua a grupelor, terminând pe locul trei și fiind eliminat [1] . În anii următori a păstrat întotdeauna în primele trei poziții ale campionatului, terminând pe locul trei timp de patru sezoane consecutive și în următoarele trei sezoane a terminat pe locul al doilea. După ce a terminat sezonul 2014-2015 pe locul trei, la sfârșitul sezonului 2015-2016 Athletic Club a câștigat al cincilea campionat , revenind să fie echipa cu cele mai multe campionate câștigate. Cu această victorie, Athletic Club a fost admis în UEFA Women's Champions League 2016-2017 , dar a fost eliminat imediat în optimi de către danezii de la Fortuna Hjørring după prelungiri[3] .