Limbaj de marcare chimică

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare

Chemical Markup Language , CML , este o abordare utilizată în chimie pentru gestionarea informațiilor despre molecule folosind instrumente precum XML și Java . A fost prima implementare specifică domeniului strict bazată pe XML, cel mai robust și utilizat pe scară largă sistem pentru gestionarea informațiilor exacte în multe domenii de aplicații. A fost dezvoltat peste un deceniu de Peter Murray-Rust , Henry Rzepa și alții și a fost dovedit în multe domenii și pe o varietate de mașini.

Informațiile chimice sunt stocate în mod tradițional în multe tipuri diferite de format de fișier , ceea ce implică utilizarea diferitelor formate pentru a partaja informații despre un singur proiect. Formatul CML combină mai multe dintre aceste formate într-unul singur, ajutând dezvoltatorii și chimistii CML să proiecteze documente interoperabile. Există o serie de instrumente care pot genera, procesa și afișa documente CML. În acest fel, informațiile chimice pot fi distribuite în documente XML folosind CML.

CML poate sprijini o mare varietate de concepte chimice, inclusiv:

Versiuni

Cea mai recentă versiune disponibilă este schema 2.5 descărcabilă de la sourceforge.net . Formatul CML1 este acum depășit și nu ar mai trebui utilizat.

Instrumente

JUMBO, Java Universal Molecular Browser for Objects, este o bibliotecă Java care acceptă validarea, citirea și scrierea CML, precum și conversia mai multor formate conexe în CML și, de exemplu, o reacție în CML la o reprezentare SVG animată a aceeași reacție. [1] JUMBO a evoluat într-o bibliotecă Java extinsă capabilă să suporte toate elementele din schema CML. [2] Deși JUMBO este utilizat ca browser , abordarea preferată este utilizarea instrumentelor Open Source , cum ar fi Jmol și JChemPaint .

Notă

  1. ^(RO) JUMBO Întrebări frecvente
  2. ^(EN) Acasă CML pe Sourceforge

Bibliografie

  • HS Rzepa, P. Murray-Rust și BJ Whitaker Internetul ca instrument de informare chimică , Chem. Rev. Soc., 1997 , 1-10. DOI : 10.1039 / CS9972600001
  • P. Murray - Rust și HS Rzepa, Chemical Markup, XML și World Wide Web. 1. Principii de bază , J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999 , 39 , 928-942. DOI : 10.1021 / ci990052b
  • EL Willighagen, Prelucrarea convențiilor CML în Java , Chemistry Preprint Server, 2000 . Arhive CPS ; EL Willighagen, Procesarea convențiilor CML în Java , Internet Journal of Chemistry, 2001 , 4 . Abstract
  • P. Murray - Rust și HS Rzepa, Chemical Markup, XML și World - Wide Web. 2. Obiecte informaționale și CMLDOM , J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001 , 41 . DOI : 10.1021 / ci000404a
  • GV Gkoutos și P. Murray - Rust și S. Rzepa și M. Wright, Chemical Markup, XML și World-Wide Web 3. Către o rețea semantică semantică chimică de încredere , J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001 , 41 , 1124-1130. DOI : 10.1021 / ci000406v
  • P. Murray-Rust, HS Rzepa și M. Wright, Development of Chemical Markup Language (CML) ca sistem de manipulare a conținutului chimic complex , New J. Chem., 2001 , 618-634.
  • P. Murray - Rust și HS Rzepa, Chemical Markup, XML și World - Wide Web. 4. Schema CML , J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003 , 43 , 757-772. DOI : 10.1021 / ci0256541
  • P. Murray - Rust și HS Rzepa și J. Williamson și EL Willighagen, Chemical Markup, XML și World - Wide Web 5. Aplicații ale metadatelor chimice în agregatori RSS , J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004 , 44 , 462-469. DOI : 10.1021 / ci034244p
  • GL Holliday, P. Murray-Rust, HS Rzepa, Chemical Markup, XML și World Wide Web. Partea 6. CMLReact; Un vocabular XML pentru reacții chimice , J. Chem. Inf. Mod., 2006 , 46 , 145-157. DOI : 10.1021 / ci0502698
  • S. Kuhn, T. Helmus, RJ Lancashire, P. Murray-Rust, HS Rzepa, C. Steinbeck, EL Willighagen, Chemical Markup, XML și World Wide Web. 7. CMLSpect, un vocabular XML pentru date spectrale , J Chem. Inf. Mod., 2007 , 47 , 2015 -2034. DOI : 10.1021 / ci600531a

Elemente conexe

linkuri externe

Adus de la „ https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=Chemical_Markup_Language&oldid=107161870 ”