Energie proteică optimă discretă
DOPE sau D O ptimized P înscriem histamina E nergy, este un potențial statistic utilizat pentru evaluarea omologie modelului în anticiparea rezoluției proteinelor structurii. DOPE se bazează pe o îmbunătățire a stării de referință care corespunde atomilor care nu interacționează într-o sferă omogenă cu raza dependentă de structura nativă a unei probe; reprezintă deci forma sferică și finită a structurilor native. Este inclus în popularul software de modelare a omologiei Modeller și este utilizat pentru a evalua energia modelului de proteine generată prin numeroase iterații de către Modeller, care produce modele de omologie luând în considerare constrângerile spațiale. Modelele care returnează valoarea minimă a molpdf-urilor pot fi alese drept cele mai bune structuri probabile și pot fi utilizate în continuare pentru a le evalua cu scorul DOPE. La fel ca versiunea actuală a software-ului Modeller, DOPE este implementat în Python și este gestionat în mediul Modeller. Metoda DOPE este utilizată în general pentru a evalua calitatea unui model de structură în ansamblu. Alternativ, DOPE poate genera, de asemenea, un profil de energie rezidual cu reziduu pentru modelul de intrare, făcând posibil ca utilizatorul să identifice regiunea problematică în modelul de structură.
Notă
- Ale mele. Shen și A. Sali. Potențial statistic pentru evaluarea și predicția structurilor proteice. Știința proteinelor 15, 2507-2524, 2006.
- D. Eramian, M.-y. Shen, D. Devos, F. Melo, A. Sali și MA Marti-Renom. Un scor compozit pentru prezicerea erorilor în modelele de structură proteică. Protein Science 15, 1653-1666, 2006.
- MA Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sanchez, F. Melo, A. Sali. Modelarea comparativă a structurii proteinelor a genelor și genomilor. Încuviințat. Pr. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
- A. Sali & TL Blundell. Modelarea comparativă a proteinelor prin satisfacerea restricțiilor spațiale. J. Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
- A. Fiser, RK Do și A. Sali. Modelarea buclelor în structuri proteice, Protein Science 9. 1753-1773, 2000.
Alte proiecte
-
Wikimedia Commons conține imagini sau alte fișiere despre energia proteică optimizată discretă
linkuri externe
- Site-ul oficial al modelatorului , la salilab.org .
- Manualul modelatorului , la salilab.org .
