Clubul a fost fondat pe 16 noiembrie 1909 sub numele de EVV Eindhoven . În 1954 Eindhoven a câștigat ultimul titlu național înainte de introducerea ligii profesionale. După ce a devenit profesionist, clubul a jucat în Eredivisie până în 1957, când clubul a fost retrogradat la Eerste Divisie , unde a rămas până la retrogradarea din 1969. Doi ani mai târziu, clubul s-a întors pentru prima dată la Eerste Divisie și, în 1975, la Eredivisie. În 1977, Eindhoven a fost retrogradat în Eerste Divisie și nu a mai schimbat seria de atunci.
Cea mai mare rivalitate este cu PSV vecin, împotriva căruia joacă Lichtstad Derby („Derby-ul orașului luminii”). Ca și în cazul echipelor din Glasgow , originea acestei rivalități este religioasă. FC Eindhoven are rădăcini catolice, în timp ce PSV este protestant.
În 2004, FC Eindhoven a încheiat un acord cu PSV (încheiat ulterior în 2005) cu privire la posibilitatea schimbului de jucători din echipele de tineret.