În sezonul 2016, FK Žalgiris a jucat în A Lyga , primul zbor al campionatului lituanian de fotbal , terminând turneul pe primul loc cu 76 de puncte câștigate în 33 de zile, rezultatul a 24 de victorii, 4 remize și 5 înfrângeri, câștigând campionatul pentru a șaptea oară, a patra consecutivă. Datorită acestui succes s-a calificat în UEFA Champions League 2017-2018 . La începutul sezonului a câștigat LFF Supertaurė , învingându-l pe Trakai în finală după prelungiri . În primăvara anului 2016 a jucat în semifinalele Lietuvos Taurė 2015-2016 , învingându-l pe Stumbras și accesând finala turneului. În finală s-a confruntat și l-a învins pe Trakai după prelungiri , câștigând cupa națională pentru a zecea oară în istoria sa, a cincea la rând. În toamna anului 2016 a intrat pe teren începând cu a treia rundă a Lietuvos Taurė 2016 , ajungând în finala turneului unde a învins-o pe Sūduva , câștigând astfel cupa pentru a șasea oară consecutiv [1] . Tot în toamna anului 2016 a participat la UEFA Champions League , fiind imediat eliminat în runda a doua de calificare de kazahii din Astana .