În sezonul 2011, VMFD Žalgiris a jucat în A Lyga , topul campionatului lituanian de fotbal , terminând turneul pe locul doi cu 72 de puncte marcate în 33 de meciuri, rezultatul a 22 de victorii, 6 remize și 5 înfrângeri. În toamna anului 2011 a intrat pe teren începând cu a cincea rundă a Lietuvos Taurė 2011-2012 , cupa națională lituaniană care și-a avut epilogul în sezonul 2012 cu victoria finală a lui VMFD Žalgiris însuși. Datorită locului al doilea în clasament și datorită victoriei cupei naționale 2011-2012, VMFD Žalgiris s-a calificat pentru a doua rundă de calificare a UEFA Europa League 2012-2013 .