Pliantul Proteomei Umane

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare

Proiectul Human Proteome Folding ( HPF ) este rezultatul colaborării dintre Universitatea din New York (Bonneau Lab), Institutul de Biologie a Sistemelor (ISB) și Universitatea din Washington (Baker Lab), utilizând software-ul Rosetta dezvoltat de Rosetta Commons . Proiectul HPF se află în prezent în faza 2, lucrând exclusiv la proiectul de calcul distribuit World Community Grid . Faza 1 a lucrat pe două rețele de calcul distribuite: World Community Grid , o inițiativă filantropică IBM și grid.org a United Devices. Institutul de biologie a sistemelor a conceput pliantul proteomului uman pentru rețeaua comunitară mondială și va folosi rezultatele în efortul său de cercetare mai larg.

Starea proiectului

HPF Faza 1 a aplicat software-ul Rosetta v4.2x pe genomul uman și alte 89, începând din noiembrie 2004. Faza 1 s-a încheiat în iulie 2006. Faza 2 (HPF2) aplică software-ul Rosetta v4.8x la rezoluție mai mare, în „rafinament complet al atomului” mod, concentrându-se asupra biomarkerilor tumorali (proteine ​​găsite la niveluri dramatic crescute în țesuturile tumorale), proteinele secretate de om și malaria. În paralel, obiectivul fazei 2 este, de asemenea, îmbunătățirea în continuare a software-ului Rosetta, dezvoltat în principal pe Rosetta @ home .

Publicații

Lars Malmström, Michael Riffle, Charlie EM Strauss, Dylan Chivian, Trisha N. Davis și David Baker, Superfamily Assignments for the Yeast Proteome through Integration of Structure Prediction with the Gene Ontology , în PLoS Biology , vol. 5, nr. 4, 2007, pp. e76, DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050076 .

Elemente conexe

linkuri externe

Adus din „ https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=Human_Proteome_Folding&oldid=121736655 ”