Clubul a fost fondat în 1997 sub numele de Universitatea Xəzər[2] . În acel an, Universitatea Khazar , prima universitate privată din Azerbaidjan, a fondat o echipă de fotbal cu același nume și s-a alăturat campionatului de amatori. Clubul a jucat la nivel amator până în sezonul 1998-1999. În 1999-2000 a participat la prima divizie Azeri și și-a încheiat primul sezon în topul clasamentului al unsprezecelea [3] . În anii următori s-au încheiat înainte de al șaptelea ( 2000-2001 ) și apoi al treilea ( 2001-2002 ). La sfârșitul sezonului 2003-2004 echipa a obținut un bun al patrulea loc, ceea ce i-a adus companiei calificarea în Cupa UEFA Intertoto pentru prima dată în istoria sa. În prima rundă a UEFA Intertoto Cup 2004 Xəzər Universiteti el bate austriac e Bregenz 3-0 prima manșă de forfeit și a învins cu 2-1 în retur [4] . În runda a doua a pierdut primul său meci împotriva finlandezuluiTampere United cu 3-0 și a câștigat returul cu 1-0 la Baku, fiind eliminat [5] .
În vara anului 2004, drepturile sportive ale Universității Xəzər au fost achiziționate de infant-İnter Bakı Peșəkar Idman Klubu, care s-a alăturat topului campionatului azer [2] . În ultimele luni ale anului 2004 s-au făcut modificări ale structurii corporative, ceea ce a dus la o schimbare a noului nume -Inter Bakı Peșəkar Idman Klubu[2] . Structura capitalei Azerbaidjanului a încheiat sezonul 2004-2005 pe locul șapte, înainte de a se îmbunătăți în sezonul următor (al patrulea) și de a confirma locul patru în sezonul 2006-2007 . La finalizarea Premyer Liqasi 2007-2008 a câștigat primul său titlu național [6][7] . Ca campion al Azerbaidjanului, a participat la preliminariile Ligii Campionilor UEFA 2008-2009 : după ce a reușit să-l învingăpeRabotničkiîn golurile din deplasare , a fost eliminat de la Partizan în a doua rundă de calificare. A câștigat al doilea campionat național în sezonul 2009-2010 . În anii următori, ea a păstrat primele locuri la finalul campionatului Premyer Liqasi , calificându-se cu o oarecare regularitate în UEFA Europa League . Ediția 2015-2016 a UEFA Europa League a lui Nell a trecut mai întâi de albanezii Laci , apoi de islandezii FH Hafnarfjörðar , ajungând pentru prima dată în cea de-a treia rundă de calificare, unde a fost eliminat de spanioli de la Athletic Bilbao . La 31 martie 2016, CFCB, organul de control financiar al UEFA , Inter a anunțat excluderea de la participarea la competițiile UEFA pentru următoarele trei sezoane, din cauza dificultăților financiare care au lovit clubul [8] . În ciuda acestui fapt, clubul a reușit să plătească salarii și să înființeze o echipă capabilă să se închidă pe locul trei al campionatului Premyer Liqasi 2016-2017 .
La 28 octombrie 2017, clubul și-a schimbat oficial numele în Keșlə Futbol Klubu[9] , schimbând și logo-ul și culorile.
În istoria recentă a clubului, Inter Baku a menținut timp îndelungat acasă neînvinsă: între 11 august 2004 și 6 aprilie 2006 (serie întreruptă împotriva Netchi 0-1), între 2 mai 2007 și 15 februarie 2009 (serie întreruptă împotriva ' FK Baku 0-1), între 14 martie 2009 și 4 aprilie 2010 (serie întreruptă împotriva lui Qarabağ (0-1) și din 7 aprilie 2012. [10]