Clubul a fost fondat în 1997 sub numele de Universitatea Xəzər[2] . În acel an, Universitatea Khazar , prima universitate privată din Azerbaidjan, a fondat o echipă de fotbal cu același nume și a intrat în liga de amatori. Clubul a jucat la nivel amator până în sezonul 1998-1999. În 1999-2000 a participat la divizia de top din Azerbaidjan și și-a încheiat primul sezon în zborul de top, terminând pe locul unsprezece [3] . În anii următori a terminat pe locul șapte ( 2000-2001 ) și apoi pe al treilea ( 2001-2002 ). La sfârșitul sezonului 2003-2004 , echipa a obținut un bun al patrulea loc, care a obținut calificarea clubului pentru Cupa UEFA Intertoto pentru prima dată în istoria sa. În prima rundă a Cupei Intertoto din 2004 , Xəzər Universiteti a învins-o pe austriaci din Bregenz cu 3-0 în prima manșă, pierdută și s-a impus cu 2-1 în manșa a doua [4] . În runda a doua a pierdut prima manșă împotriva finlandezilor de la Tampere United pentru 3-0 și a câștigat în retur la Baku 1-0, fiind eliminat [5] .
În vara anului 2004, drepturile sportive ale Universității Xəzər au fost dobândite de nou - născutul İnter-Bakı Peșəkar İdman Klubu , care a intrat în campionatul de top din Azerbaidjan [2] . În ultimele luni ale anului 2004, s-au făcut modificări în structura corporativă, ceea ce a condus la o nouă schimbare de nume în İnter-Bakı Peșəkar İdman Klubu[2] . Echipa din capitala Azerbaidjanului a terminat sezonul 2004-2005 pe locul șapte, doar pentru a se îmbunătăți în sezonul următor (locul patru) și confirmând locul patru în sezonul 2006-2007 . La sfârșitul Premyer Liqası 2007-2008 a câștigat primul său titlu național [6][7] . În calitate de campion azer, a participat la preliminariile UEFA Champions League 2008-2009 : după ce a învins-o pe Rabotnički datorită regulii golurilor în deplasare , a fost eliminat de Partizan în a doua rundă de calificare. A câștigat al doilea campionat național în sezonul 2009-2010 . În anii următori, el a menținut pozițiile de top la finalul campionatului Premyer Liqası , calificându-se cu o oarecare regularitate în UEFA Europa League . În ediția 2015-2016 a UEFA Europa League i-a depășit mai întâi pe albanezii din Laçi , apoi pe islandezii FH Hafnarfjörðar , ajungând pentru prima dată în a treia rundă de calificare, unde a fost eliminat de spaniolii de la Athletic Bilbao . La 31 martie 2016, CFCB, organismul de control financiar al UEFA , a anunțat excluderea İnter de la participarea la competițiile UEFA pentru următoarele trei sezoane din cauza dificultăților financiare cu care se confruntă clubul [8] . În ciuda acestui fapt, clubul a reușit să plătească salarii și a înființat o echipă capabilă să termine pe locul trei în campionatul 2016-2017 al Premyer Liqası .
La 28 octombrie 2017, clubul și-a schimbat oficial numele în Keșlə Futbol Klubu[9] , schimbând și logo-ul și culorile companiei.
În istoria recentă a clubului, Inter Baku și-a menținut acasă neînvinsă perioade lungi: între 11 august 2004 și 6 aprilie 2006 (seria întreruptă împotriva lui Netchi 0-1), între 2 mai 2007 și 15 februarie 2009 (seria întreruptă împotriva FK Baku 0-1), între 14 martie 2009 și 4 aprilie 2010 (seria întreruptă împotriva lui Qarabağ (0-1) și din 7 aprilie 2012. [10]