Instrument de bază de căutare a alinierii locale

Dezambiguizare - "BLAST" se referă aici. Dacă sunteți în căutarea altor semnificații ale acestui cuvânt, consultați Explozie .

În bioinformatică , BLAST ( B asic L ocal A lignment S earch T ool, sau instrument de căutare a alinierii locale) este un algoritm utilizat pentru a compara informațiile conținute în structurile biologice primare , cum ar fi secvențele de proteine sau secvențele de nucleotide ale moleculelor de ADN .

Operațiune

O căutare BLAST permite cercetătorului să compare o secvență de interes cu o bază de date cu secvențe deja cunoscute și să identifice printre acestea din urmă cele care au similarități cu secvența de interes. De exemplu, în urma descoperirii unei gene de șoarece necunoscute anterior, oamenii de știință efectuează de obicei o căutare BLAST în genomul uman pentru a vedea dacă acesta conține gene cu secvențe similare; odată ce s-au găsit cele două gene „înrudite”, este posibil să se investigheze experimental funcția celui care vine de la șoarece și astfel să se obțină indicii cu privire la posibila funcție a celui uman.

Algoritmul BLAST poate fi împărțit în 3 faze principale:

1. Creați o listă de cuvinte cu lungimea W a secvenței de interogare.
2. Căutați cuvinte W în baza de date.
3. Alungirea secvențelor de lovituri, adică a celor găsite și atribuirea unui scor. Aceste secvențe vor fi date de o aliniere de tip local.

Secvențele care urmează să fie luate în considerare vor fi doar cele al căror scor depășește un anumit prag al pragului T, care se va numi HSP (H igh-scorment egment S P air).

linkuri externe

• Site-ul NCBI-BLAST , la adresa ncbi.nlm.nih.gov .
• mpiBLAST - mpiBLAST este o implementare paralelă și open-source a NCBI BLAST
• Demo mpiBLAST ^{[ link rupt ]} , pe uniclust.it .