În sezonul 2012-2013, FK Rubin Kazan a jucat în Prem'er-Liga , topul campionatului rus de fotbal , terminând turneul pe locul șase cu 50 de puncte în 30 de zile, rezultatul a 15 victorii, 5 remize și 10 înfrângeri, obținând acces la preliminariile UEFA Europa League 2013-2014 . La începutul sezonului a jucat finala Supercupei Rusiei , învingând Zenit St. Petersburg cu 2-0 și câștigând trofeul pentru a doua oară în istoria sa sportivă. În Cupa Rusiei a luat terenul începând din optimi și a fost imediat eliminat de Enisej . Pentru faza grupelor din UEFA Europa League a fost remis în Grupa H împreună cu Inter , Partizan și Neftçi . După ce a terminat grupa pe primul loc, s-a calificat în faza eliminatorie: în optimi a eliminat spaniolii din Atletico Madrid , în optimile de finală i-a eliminat pe spaniolii din Levante , în timp ce în sferturile de finală a fost eliminat de Chelsea engleză a câștigat atunci turneul.