Primul club de fotbal din Coriza a fost fondat la 15 aprilie 1909 sub numele de Vllazëria de către politicianul și poetul Hilë Mosi. Creșterea popularității fotbalului în perioada 1920-1922 este dovedită de nașterea a numeroase cluburi precum Përparimi și Sport Klub Korça . În 1922 liceul național albanez a fondat clubul sportiv Shpresa .
Skënderbeu s-a născut în 1925 și a fost numit în onoarea eroului național albanez Giorgio Castriota Scanderbeg . A văzut imediat intrarea multor tineri, care obișnuiau să joace fotbal pe terenurile orașului. În 1926 s-au născut diverse echipe de cartier: Zhgaba , Leka i Madh , Pirro , Brekverdhit , Zjarri . în 1927 s-a născut Tigri e Diamanti . În 1928 aceste echipe au concurat într-un campionat de oraș.
După ce a depășit o serie de probleme politice inițiale, Skënderbeu a devenit în curând cea mai importantă echipă din orașul Korçë și în 1926 a început să joace amicale cu echipe din orașe din apropiere, precum macedonenii din Monastir, care atunci făceau parte din Regatul Iugoslaviei (victoria pentru 5-2 și 2-2 la egalitate), și grecii din Ermioni și Salonic, echipa strămoșilor Aris Salonic . Asociația albaneză a mai jucat împotriva lui Kavala, a învins cu 2-0 în Albania și a câștigat cu 1-0 în Grecia.
Skënderbeu a câștigat cinci campionate albaneze la rând, în 2010-2011, 2011-2012, 2012-2013, 2013-2014, 2014-2015, reușind astfel să realizeze o mare ispravă pe care nu o mai făcuseră niciodată în istoria fotbalului. În sezonul 2015-2016 echipa a venit la un pas de calificarea istorică pentru grupele Ligii Campionilor , pierzând în play-off împotriva croaților din Dinamo Zagreb . În ciuda eliminării, el a obținut prima sa calificare istorică în Europa League (printre altele, este și un record pentru echipele albaneze, devenind prima echipă albaneză care s-a calificat pentru grupele din Europa League, dat fiind că Flamurtari a participat când a fost convocată Cupa Uefa ).
În iunie 2017, justiția sportivă albaneză a decis să revoce titlul de campion albanez 2015-2016, după ce clubul a fost găsit vinovat de trucarea unor meciuri din ligă. [1] Ulterior, UEFA a decretat excluderea echipei albaneze din cupele europene pentru următorii zece ani.