Comparativ cu sezonul precedent, formula s-a schimbat radical: numărul echipelor a scăzut de la 12 la 8 și, la fel ca în prima ediție după Uniunea Sovietică, turneul a fost împărțit în două faze: în prima fază echipele s-au întâlnit în runde de retur, pentru un total de 14 meciuri pe echipă. Metoda de acordare a punctelor în clasament a fost, de asemenea, modificată: s-au acordat trei puncte pentru victorie, una pentru remiză și zero pentru înfrângere. Primii șase clasificați s-au calificat în grupă pentru titlu, luând cu ei jumătate (aproximativ prin exces) din punctele acumulate în prima fază.
În schimb, ultimii doi clasificați au trebuit să joace un turneu de șase persoane împreună cu primele două din fiecare dintre cele două grupe ale Esiliiga 1994-1995 : doar primii puteau obține locul în Meistriliiga. La sfârșitul sezonului, însă, FIFA a forțat Federația Estonă să readmită Tevalte Tallinn , exclus în sezonul precedent fără dovezi concrete. Prin urmare, a fost necesar să se joace un play-off suplimentar între ultima rundă a titlului și a doua a turului de promovare / retrogradare.