Formula sezonului precedent a fost confirmată: numărul echipelor a rămas la opt și turneul a fost împărțit în două faze: în prima fază echipele s-au întâlnit în runde de acasă și în deplasare, pentru un total de 14 meciuri pe echipă. Au fost acordate trei puncte pentru victorie, una pentru remiză și zero pentru înfrângere. Primii șase clasificați s-au calificat în grupă pentru titlu, luând cu ei jumătate (aproximativ prin exces) din punctele acumulate în prima fază.
Ultimii doi clasificați au trebuit să joace un turneu de șase persoane împreună cu primele patru clasate din Esiliiga 1996-1997 : la sfârșitul acestei runde primii doi puteau obține locul în Meistriliiga.
^FC Tevalte / Marlekor și-a schimbat numele în FC Marlekor în timpul sezonului.
^abcLa sfârșitul sezonului, Tulevik Viljandi a dobândit titlul de Lelle SK și le-a luat locul în Meistriliiga. În același timp, FC Lelle a dobândit titlul sportiv de Vall Tallinn , și-a luat locul în Meistriliiga și la rândul său a schimbat numele în Lelle SK . Vall Tallinn a plecat de la Esiliiga.
^Marlekor Tallinn și-a schimbat sponsorul și a fost redenumit TVMK Tallinn la sfârșitul sezonului.