RasMol
| RasMol software | |
|---|---|
 | |
| Tip | Bioinformatica Procesor de formule Chemoinformatică |
| Dezvoltator | Herbert J. Bernstein |
| Data primei versiuni | 1992 |
| Ultima versiune | 2.7.5.1 (17 iulie 2009 ) |
| Sistem de operare | |
| Limba | C. |
| Licență | Licență publică generală GNU ( licență gratuită ) |
| Site-ul web | www.rasmol.org/ |
RasMol este un program de calculator conceput pentru vizualizarea graficii moleculare, cu scopul de a fi utilizat în principal pentru reprezentarea și explorarea structurilor macromoleculare biologice, cum ar fi cele ale Protein Data Bank.
A fost inițial dezvoltat de Roger Sayle la începutul anilor 1990. [1] Din punct de vedere istoric, acesta a fost un instrument important pentru biologii moleculari, deoarece programul extrem de optimizat i-a permis să ruleze pe computere personale care erau moderat puternice la acea vreme. Înainte de apariția programului RasMol, software-ul de vizualizare funcționa pe stații de lucru grafice care, datorită costului ridicat, nu erau foarte accesibile studenților. RasMol a devenit acum un instrument educațional important, precum și continuă să fie un instrument important pentru cercetarea biologiei structurale.
Începând cu versiunea 2.7, [2] RasMol este licențiat sub o licență dublă (licență GPL sau RASLIC [3] ). Prin urmare, RasMol este (împreună cu Molekel , Jmol și PyMOL ) printre puținele programe de vizualizare moleculară open source disponibile.
RasMol include un limbaj de programare limbă (pentru a selecta anumite proteine lanțuri sau pentru a schimba culorile etc.). Jmol a încorporat limbajul de script al RasMol în comenzile sale.
Fișierele Protein Data Bank (PDB) pot fi descărcate pentru vizualizare de la banca Protein Data Bank (PDB) din Europa , Japonia sau America . Acestea au fost încărcate de cercetători care au caracterizat structura moleculelor de obicei prin difracție de raze X sau spectroscopie de rezonanță magnetică nucleară a proteinelor .
Comunicarea intraprocesuala
Pe platformele UNIX Rasmol poate comunica cu alte programe prin Tcl / Tk . În Microsoft Windows , este utilizat Dynamic Data Exchange (DDE).
- program de aliniere multiplă . Clasa Java responsabilă poate fi utilizată în mod liber în alte aplicații.
Notă
- ^ Roger Sayle, E. James Milner-White. „RasMol: Grafică biomoleculară pentru toți”, Tendințe în științe biochimice (TIBS), septembrie 1995, Vol. 20 (9): 374
- ^ Herbert J. Bernstein, „Recent changes to RasMol, recombining the variants, Trends in Biochemical Sciences (TIBS), septembrie 2000, vol. 25 (9): 453-455
- ^ Licență RASLIC
Elemente conexe
Alte proiecte
-
Wikimedia Commons conține imagini sau alte fișiere pe RasMol
linkuri externe
- ( RO ) Site oficial , la rasmol.org .
- ( RO ) Descărcați RasMol (versiuni de producție) , de la bernstein-plus-sons.com .
- ( EN ) Depozit de surse de dezvoltare (margine de sângerare) , la blondie.dowling.edu . Accesat la 29 martie 2009 (arhivat din original la 3 iulie 2007) .
- (EN) Depozit sursă (stabil) , pe sourceforge.net.
- ( EN ) Fișiere de date (în Europa) , pe pdbe.org .
- ( EN ) Fișiere de date (în Japonia) , pe pdbj.org .
- ( EN ) Fișiere de date (în SUA) , pe rcsb.org . Adus pe 29 martie 2009 (depus de „url original 28 august 2008).
- ( EN ) Istoria timpurie a dezvoltării RasMol ( TXT ), pe umass.edu .
- ( EN ) Istoria ulterioară a dezvoltării RasMol , pe rasmol.org .
