Secvențe palindromice

Secvența ADN .
A: secvență palindromică; B: buclă terminală; C: tulpina. B și C formează o structură de ac de păr .

Descriere

O secvență palindromică este o regiune a structurii primare a ADN-ului constând din două secvențe de baze repetate și inversate. Aceasta înseamnă că, atunci când sunt citite în direcția 5'-3 'și în direcția 3'-5', acestea arată o complementaritate perfectă și sunt palindrome . De exemplu, enzima de restricție a bacteriei Escherichia coli se taie în prezența sitului de restricție GAATTC (5'-3 ') care, citit în direcția 3'-5', rămâne același (CTTAAG). ^[1] A doua secvență, dacă este citită din dreapta, este identică cu prima.
Acestea sunt secvențe auto-complementare de-a lungul unui lanț și, prin urmare, sunt capabile să ofere împerechere intra-lanț formând structuri de ac de păr

Structura acului

Secvențele de ADN palindromic (sau ARN) pot forma structuri alternative cu împerechere intracatenă între baze. Când este implicat un singur lanț, structura este definită ca un ac de păr . Când sunt implicate ambele lanțuri, structura se numește cruce. ^[2]

Exemple

Enzime de restricție

Secvențele palindromice joacă un rol important în biologia moleculară deoarece într-o secvență ADN, având o structură cu lanț dublu polinucleotidic, perechile de baze sunt citite în așa fel încât să determine un palindrom. Multe dezoxiribonucleaze II (specifice site-ului) recunosc secvențe palindromice specifice și le taie.

De exemplu, enzima de restricție EcoRI recunoaște următoarea secvență palindromică:

 5'- GAATTC -3 '
3 '- CTTAAG -5'

Secvența de sus este 5'-GAATTC-3 ', partea de jos 3'-CTTAAG-5'. Dacă lanțul ADN este inversat, secvențele sunt exact aceleași (5'GAATTC-3 'și 3'-CTTAAG-5'). Urmează alte enzime de restricție și secvențele palindromice pe care le recunosc:

 5'GAATTC
3'CTTAAG

5 '--- G AATTC --- 3'
3 '--- CTTAA G --- 5'

 5'GGATCC
3 'CCTAGG

5 '--- G GATCC --- 3'
3 '--- CCTAG G --- 5'

 5'TCGA
3'AGCT

5 '--- T CGA --- 3'
3 '--- AGC T --- 5'

 5'AGCT
3'TCGA

5 '--- AG CT --- 3'
3 '--- TC GA --- 5'

Notă

Portalul de biologie : Accesați intrările Wikipedia care se ocupă de biologie