Secvențierea bisulfitului genomului întreg
Prin termenul secvențializare bisulfită a întregului genom, în limba engleză Whole genome bisulfite sequencing tongue (WGBS), se referă la o tehnică de biologie moleculară care face posibilă determinarea stării de metilare a unui întreg genom la nivelul citozinelor individuale. Această tehnică se bazează pe tratamentul ADN-ului de interes cu bisulfit de sodiu , urmat de secvențierea de generație următoare (NGS). În special, bisulfitul de sodiu este un compus chimic capabil să deamineze citozinele nemetilate în uracili, care sunt ulterior transformate în timine. În schimb, citozinele metilate nu sunt convertite, rezultând sfârșitul reacției citozine [1] [2] . Poziția genomică exactă a citozinelor metilate poate fi apoi determinată prin compararea secvenței probei tratate cu bisulfit de sodiu cu aceeași probă netratată (sau mai des cu secvența genomului de referință disponibilă pentru o specie dată).
Metodologie
Pregătirea bibliotecii pentru analiza WGBS se poate face folosind mai multe variante. În general, se disting protocoalele pre și post-bisulfit. Ambele oferă ca etapă inițială extragerea ADN-ului de interes; ulterior, aceste protocoale diferă în momentul în care se efectuează tratamentul cu bisulfit de sodiu: în protocolul pre-bisulfit are loc mai întâi fragmentarea ADN, urmată de repararea finală și ligarea oligonucleotidelor adaptoare, în timp ce în protocolul post-bisulfit conversia cu bisulfit de sodiu se realizează imediat după extracția ADN-ului [3] (Fig. 1). Ambele protocoale includ apoi o etapă PCR , urmată de secvențierea și etapele de analiză bioinformatică.
Aplicații
Datorită costurilor mai mici ale secvențierii următoarei generații , tehnica WGBS devine din ce în ce mai accesibilă atât pentru cercetarea de bază, cât și pentru cercetarea clinică.
Notă
- ^ RY Wang, CW Gehrke și M Ehrlich,Comparația modificării bisulfit a reziduurilor de 5-metildeoxicididină și deoxicididină. , în Cercetarea acizilor nucleici , vol. 8, nr. 20, 24 octombrie 1980, pp. 4777-4790. Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ Hikoya Hayatsu, Discovery of bisulfite- mediaed cytosine conversion to uracil, the key reaction for DNA methylation analysis - A personal account , in Proceedings of the Japan Academy. Seria B, Științe fizice și biologice , vol. 84, nr. 8, 2008-10, pp. 321-330, DOI : 10.2183 / pjab / 84.321 . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ a b ( EN ) Ivo Grosse, Bruno Glaser și Claude Becker, How to Design a Whole-Genome Bisulfite Sequencing Experiment , în Epigenomes , vol. 2, nr. 4, decembrie 2018, p. 21, DOI : 10.3390 / epigenomes2040021 . Adus la 11 iulie 2019 .
