Tn-grilă

TN-Grid ^[1] este un container de proiecte de calcul voluntar pe platforma BOINC , dezvoltat și susținut de zona de cercetare Trento a Consiliului Național de Cercetare și găzduit de Universitatea din Trento .

Proiecte

Activ din 2014, găzduiește proiectul gene @ home ^[2] , în colaborare cu Fundația Edmund Mach , care se ocupă cu extinderea rețelelor genetice ( GRN ), folosind organisme model cunoscute (cum ar fi Escherichia coli ) ca punct de plecare și apoi comparați rezultatele in silico cu cele in vitro , crescând astfel înțelegerea proceselor biologice subiacente. Algoritmul care se ocupă de găsirea relațiilor cauzale între gene se numește PC-IM și se bazează pe coeficientul Pearson . Codul sursă al proiectului este open source .

Scopuri științifice

Cunoașterea extinderilor rețelelor genetice ale organismelor model (și a variațiilor acestora), permite aplicarea acelorași algoritmi și la alte plante, animale și chiar la oameni, permițând o mai bună cunoaștere a acestui sector de cercetare, cu posibile consecințe în domeniul medical sau , ca și în cazul Vitis vinifera , pentru a permite o utilizare mai redusă a pesticidelor.

Până în prezent, simulările au vizat:

• Arabidopsis thaliana (finalizat)
• Escherichia coli (în curs)
• Vitis vinifera (finalizat)
• Pseudomonas aeruginosa (în curs)
• Homo sapiens (în curs). În special, cercetătorii se concentrează pe cercetarea cancerului de prostată și a bolilor coronariene.

Platforme compatibile

Aplicația proiectului, pe lângă funcționarea pe principalele platforme software ( Windows , Linux , Mac OS X ), este compatibilă cu arhitectura ARM cu distribuții Linux (cum ar fi, de exemplu, Raspberry ).

Aplicații optimizate

Datorită colaborării unor voluntari, a fost posibil să se creeze aplicații optimizate pentru CPU, folosind extensiile SSEx, AVX și FMA, care îmbunătățesc semnificativ viteza de execuție a calculelor.

Notă

Portal IT

Portal universitar