Cytoscape

Cytoscape software

Cytoscape rulează pe Mandriva , distribuție GNU / Linux .
Tip	Bioinformatică
Data primei versiuni	2002
Ultima versiune	3.8.0 (octombrie 2018)
Sistem de operare	Multiplatform
Limba	Java
Licență	GPL ( Licență gratuită )
Site-ul web	www.cytoscape.org/
Editați datele pe Wikidata · Manual

Cytoscape este un program gratuit (disponibil sub GPL ) utilizat în bioinformatică pentru vizualizarea rețelelor de interacțiune moleculară. Multe caracteristici suplimentare sunt puse la dispoziție printr-o varietate de pluginuri . Există plugin-uri pentru profilarea rețelelor moleculare, pentru layout-uri noi, pentru acceptarea fișierelor suplimentare și pentru conectarea cu baze de date. Pluginuri suplimentare pot fi dezvoltate folosind arhitectura Java deschisă Cytoscape și este încurajată crearea de noi plugin-uri ^[1] ^[2] .

Istorie

Cytoscape a fost realizat inițial de Institutul pentru Biologia Sistemului în 2002, în Seattle . În prezent este dezvoltat de un consorțiu de dezvoltatori open source. Cytoscape a fost făcut public în iulie 2002 (v.08), a doua versiune (v.09) datează din noiembrie același an, în timp ce a treia versiune (v.1.0) a fost lansată în martie 2003 . Versiunea 1.1.1 este cel mai recent stabil din seria 1.0. Versiunea 2.0 a fost lansată în 2004 și Cytoscape 2.5 în iulie 2007 .

Dezvoltare

Echipa de dezvoltatori Cytoscape continuă să lucreze la proiect pentru a crea versiunea 3.0. Această versiune va fi modularizabilă, extensibilă și menținută.

Utilizare

Cytoscape poate fi utilizat pentru a vizualiza și analiza graficele oricărui tip de rețea care implică noduri (de exemplu, rețelele sociale). Un aspect fundamental al arhitecturii software a Cytoscape este utilizarea pluginurilor pentru funcții specializate. Pluginurile sunt realizate atât de dezvoltatori, cât și de comunitatea de utilizatori.

Notă

^ Shannon P, Markiel A, Ozier O și colab. , Cytoscape: un mediu software pentru modele integrate de rețele de interacțiune biomoleculară , în Genome Res. , Vol. 13, n. 11, 2003, pp. 2498-504, DOI : 10.1101 / gr . 1239303 , PMID 14597658 .
^ Bell GW, Lewitter F, Vizualizarea rețelelor , în Meth. Enzimol. , vol. 411, 2006, pp. 408-21, DOI : 10.1016 / S0076-6879 (06) 11022-8 , PMID 16939803 .

linkuri externe

( RO ) Site oficial , pe cytoscape.org .
( EN ) Cytoscape Wiki , pe cytoscape.org . Adus la 13 octombrie 2009 (arhivat din original la 11 mai 2009) .

Portal Software gratuit Puteți ajuta Wikipedia extinzându-l Software-ul gratuit

[1] Shannon P, Markiel A, Ozier O și colab. , Cytoscape: un mediu software pentru modele integrate de rețele de interacțiune biomoleculară , în Genome Res. , Vol. 13, n. 11, 2003, pp. 2498-504, DOI : 10.1101 / gr . 1239303 , PMID 14597658 .

[2] Bell GW, Lewitter F, Vizualizarea rețelelor , în Meth. Enzimol. , vol. 411, 2006, pp. 408-21, DOI : 10.1016 / S0076-6879 (06) 11022-8 , PMID 16939803 .

[1]

[2]