Punctul de cotitură a venit în 2006, când compania, în acel moment decăzută în turneul local din seria a patra croată, a încheiat un acord simbiotic cu Dinamo Zagreb , devenind procurorul tinerelor talente. Rezultatul a fost un flux financiar mare și o creștere tehnică semnificativă, care a permis trei promoții consecutive până la atingerea categoriei superioare în 2009 .
Rămânerea la niveluri ridicate a Lokomotiva Zagreb în topul zborului a provocat puternice controverse împotriva lui Dinamo Zagreb, deoarece ar exercita controlul ligii și al federației naționale de fotbal. [1]