MUŞCHI
| MUltiple Sequence Comparation by Log-Expectation software | |
|---|---|
| Tip | Bioinformatica |
| Dezvoltator | Robert C. Edgar |
| Sistem de operare | |
| Limba | C ++ |
| Licență | software din domeniul public |
| Limbă | Engleză |
| Site-ul web | www.drive5.com/muscle |
MUltiple Sequence Comparation by Log-Expectation ( MUSCLE ) este un software de calculator pentru alinierea mai multor secvențe de proteine și nucleotide și se află în domeniul public . Metoda a fost publicată de Robert C. Edgar în două articole în 2004. În primul articol, publicat în Nucleic Acids Research , autorul introduce algoritmul de aliniere a secvenței [1] în timp ce al doilea, publicat în BMC Bioinformatics , prezintă mai multe detalii tehnice. [2]
Algoritm
Algoritmul MUSCLE constă din trei faze: schiță progresivă (progresiv brut), progresiv îmbunătățit ( progresiv îmbunătățit ) și rafinament (rafinament). În prima fază, algoritmul produce o schiță de aliniere multiplă, favorizând viteza față de precizie. În pasul următor, distanța Kimura este utilizată pentru a obține o aliniere mai precisă, care este rafinată în timpul ultimului pas. Mai multe alinieri sunt disponibile la sfârșitul fiecărei etape. În primele două faze ale algoritmului, complexitatea timpului este O ( N²L + NL² ), complexitatea spațială este O ( N² + NL + L² ). Faza de rafinare adaugă un alt termen, O ( N³L ), la complexitatea timpului. [1] MUSCLE este adesea folosit ca înlocuitor pentru Clustal, deoarece de obicei (dar nu întotdeauna) oferă alinieri mai bune ale secvenței, în funcție de opțiunile alese. În plus, MUSCLE este semnificativ mai rapid decât Clustal, în special pentru alinieri mai mari. [2]
Integrare
MUSCLE este inclus în software-ul DNASTAR Lasergene, Geneious și MacVector și este disponibil pe Sequencher, MEGA și UGENE ca plug-in . MUSCLE este, de asemenea, disponibil ca serviciu web prin intermediul Laboratorului European de Biologie Moleculară (EMBL) - Institutul European de Bioinformatică (EBI). [3] În septembrie 2016, cele două articole care descriu MUSCLE au fost citate de peste 19.000 de ori în total. [4]
Notă
- ^ a b Edgar RC, MUSCLE: alinierea secvenței multiple cu precizie ridicată și randament ridicat , în Nucleic Acids Research , vol. 32, nr. 5, 2004, pp. 1792-97, DOI : 10.1093 / nar / gkh340 , PMID 15034147 .
- ^ a b Edgar RC, MUSCLE: o metodă de aliniere a secvențelor multiple cu complexitate redusă de timp și spațiu , în BMC Bioinformatics , vol. 5, nr. 1, 2004, p. 113, DOI : 10.1186 / 1471-2105-5-113 , PMID 15318951 .
- ^ (EN) Alinierea secvenței multiple , pe ebi.ac.uk. Adus pe 24 septembrie 2020 .
- ^ (EN) Robert C. Edgar , pe scholar.google.com. Adus pe 24 septembrie 2020 .
Elemente conexe
linkuri externe
- Site-ul oficial , pe drive5.com .
- Depozitul sursă MUSCLE , la drive5.com .
- Server web MUSCLE (EMBL-EBI)
