T-Coffee

(Pe-ree T C onsistency O BIECTIV F ungeri F sau evaluarea E aliniere) T-COFFEE este un program de bioinformatică utilizat pentru alinierea secvențelor multiple bazate pe o abordare progresivă ^[1] . Algoritmul T-Coffee creează un set de alinieri de perechi pentru fiecare posibilă pereche de secvențe furnizate ca intrare, acest set (numit biblioteca ) este utilizat pentru a ghida procesul de aliniere multiplă. T-Coffee poate fi, de asemenea, utilizat pentru a combina mai multe alinieri obținute anterior cu alte programe. Cea mai recentă versiune a algoritmului T-Coffee este capabilă să utilizeze informațiile structurale disponibile prin PDB . Printre caracteristicile sale avansate se numără capacitatea de a evalua calitatea alinierilor și capacitatea de a identifica prezența tiparelor. Rezultatele sunt generate implicit în format ALN (Clustal), dar sunt acceptate și următoarele formate de ieșire: PIR, MSF și FASTA. Cele mai comune formate pentru alinierea secvenței multiple sunt acceptate ca intrări: (FASTA, PIR).

Comparație cu alte programe de aliniere

Deși T-Coffee folosește un format similar cu cel al Clustal ca ieșire, nu este compatibil cu cel al ClustalW / X, din acest motiv multe programe care acceptă formatul Clustal nu îl pot citi direct. Din fericire, ClustalX este capabil să „importe” ieșirea T-Coffee, deci cea mai simplă soluție la această problemă este să folosești ClustalX pentru a importa ieșirea T-Coffee și să o reexporti în formatul necesar. O altă posibilitate este de a specifica în mod explicit Clustalw ca format de ieșire folosind opțiunea din linia de comandă -output=clustalw_aln

O particularitate a T-Coffee este capacitatea sa de a combina diferite metode de aliniere. În versiunile mai recente, T-Coffee poate fi utilizat pentru a combina secvențe și structuri de proteine ​​sau secvențe și structuri de ARN. De asemenea, este capabil să execute și să utilizeze rezultatul celor mai populare programe de aliniere a secvențelor și structurilor. Pentru o listă completă, consultați: tclinkdb.txt . T-Coffee vine, de asemenea, cu un utilitar sofisticat de reformatare a secvenței numit seq_reformat .

Documentația completă este disponibilă pe această pagină, în timp ce un ghid introductiv este disponibil pe pagina următoare.

Moduri speciale

M-Coffee

M-Coffee este un mod special de T-Coffee care face posibilă combinarea rezultatelor obținute cu alte software-uri de aliniere a secvențelor multiple (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons etc.). În acest fel, este posibil să se obțină o singură aliniere multiplă puțin mai bună decât aliniamentele inițiale, dar mai presus de toate programul indică care sunt regiunile în care diferitele programe sunt mai de acord. Regiunile cu un nivel de potrivire mai mare sunt în general bine aliniate.

Expresso și 3D-Coffee

Aceste moduri speciale T-Coffee fac posibilă combinarea secvenței și a informațiilor de structură în procesul de aliniere. Pentru a efectua acest tip de aliniere, T-Coffee folosește la rândul său programe structurale de aliniere, inclusiv: TMalign, Mustang și SAP.

R-Cafea

R-Coffee este modalitatea T-Coffee care vă permite să aliniați secvențe de ARN folosind informații de structură secundară.

Notă

Elemente conexe

• Clustal Clustal
• MUŞCHI

linkuri externe

• Pagina de pornire T-Coffee , pe tcoffee.org .
• Serverul de aliniere a secvențelor multiple T-Coffee , pe tcoffee.crg.cat .
• Descărcare T-Coffee , pe tcoffee.org .
• Documentație tehnică , pe tcoffee.org .
• Ghid practic , pe tcoffee.org .
• Lista programelor de aliniere acceptate de T-Coffee ( TXT ), pe tcoffee.org .
• LiSA Web - o listă de algoritmi de analiză structurală open source.
• MARNA - un server pentru mai multe alinieri ale ARN- urilor ARN

Portal IT : accesați intrările Wikipedia care se ocupă cu IT