MoRF-uri

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare

Caracteristicile de recunoaștere moleculară (MoRF) sunt mici (10-70 reziduuri) regiuni intrinsec dezordonate ale proteinelor care suferă o tranziție dezordonată la ordonată după legarea cu partenerii lor. MoRF-urile sunt implicate în interacțiunile proteină-proteină, care servesc ca o etapă inițială în recunoașterea moleculară . MoRF-urile sunt dezordonate înainte de a se lega cu partenerii lor, în timp ce formează o structură proteică comună după interacțiunea cu partenerii lor. [1] [2]

Compoziție de aminoacizi

Compoziția lor de aminoacizi este foarte interesantă. Arată ca niște proteine ​​dezordonate, dar au unele caracteristici ale proteinelor ordonate. [2]

Clasificare

MoRF-urile pot fi clasificate în 4 categorii pe baza formei pe care o formează odată legate de partenerii lor: [2]

  • α-MoRF (atunci când se formează helice alfa )
  • β-MoRF (când se formează pliante β )
  • MoRF-uri neregulate (când nu aveți formă)
  • complex-MoRFs (o combinație a categoriilor de mai sus)

Predictori MoRFs

Baze de date

Notă

  1. ^ Robin van der Lee, Marija Buljan, Benjamin Lang, Robert J. Weatheritt, Gary W. Daughdrill, A. Keith Dunker, Monika Fuxreiter, Julian Gough, Joerg Gsponer, David T. Jones, Philip M. Kim, Richard W. Kriwacki , Christopher J. Oldfield, Rohit V. Pappu, Peter Tompa, Vladimir N. Uversky, Peter E. Wright și M. Madan Babu,Clasificarea regiunilor și proteinelor intrinsec dezordonate , în Chem Rev , vol. 114, nr. 13, 2014, pp. 6589-631, DOI : 10.1021 / cr400525m , PMC 4095912 , PMID 24773235 .
  2. ^ a b c Amrita Mohan, Christopher J. Oldfield, Predrag Radivojac, Vladimir Vacic, Marc S. Cortese, A. Keith Dunker și Vladimir N. Uversky, Analysis of Molecular Recognition Features (MoRFs) , în Journal of Molecular Biology , vol. 362, nr. 5, 2006, pp. 1043–59, DOI : 10.1016 / j.jmb . 2006.07.087 , PMID 16935303 .
  3. ^ Disfani FM, Hsu WL, Mizianty MJ, Oldfield CJ, Xue B, Dunker AK, Uversky VN, Kurgan L,MoRFpred . în Bioinformatică , vol. 28, nr. 12, 2012, pp. i75–83, DOI :10.1093 / bioinformatics / bts209 , PMC 3371841 , PMID 22689782 .
  4. ^ Bálint Mészáros, István Simon și Zsuzsanna Dosztányi,Predicția regiunilor de legare a proteinelor în proteinele dezordonate , în PLoS Comput Biol , vol. 5, nr. 5, 2009, pp. e1000376, Bibcode : 2009PLSCB ... 5E0376M , DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000376 , PMC 2671142 , PMID 19412530 .
  5. ^ Nawar Malhis și Joerg Gsponer,Computational Identification of MoRFs in Protein Sequences , în Bioinformatics , vol. 31, n. 11, 2015, pp. 1738–44, DOI :10.1093 / bioinformatics / btv060 , PMC 4443681 , PMID 25637562 .
  6. ^ Nawar Malhis, Eric TC Wong, Roy Nassar și Joerg Gsponer,Computational Identification of MoRFs in Protein Sequences Using Hierarchical Application of Bayes Rule , în PLOS ONE , vol. 10, nr. 10, 2015, pp. e0141603, Bibcode : 2015PLoSO..1041603M , DOI : 10.1371 / journal.pone.0141603 , PMC 4627796 , PMID 26517836 .
  7. ^ Nawar Malhis, Matthew Jacobson și Jörg Gsponer, MoRFchibi SYSTEM: Software Tools for the Identification of MoRFs in Protein sequences , in Nucleic Acids Research , vol. 44, 2016, pp. gkw409, DOI : 10.1093 / nar / gkw409 , PMID 27174932 .
  8. ^ Sharma R, Raicar G, Tsunoda T, Patil A, Sharma A, OPAL: predicția regiunilor MoRF în secvența de proteine ​​intrinsec dezordonată , în Bioinformatics , 2018, DOI :10.1093 / bioinformatics / bty032 , PMID 29360926 .
  9. ^ Foivos Gypas, Georgios N Tsaousis și Stavros J Hamodrakas, mpMoRFsDB: A database of Molecular Recognition Features in Membrane Proteins , in Bioinformatics , vol. 29, nr. 19, 2013, pp. 2517-8, DOI :10.1093 / bioinformatics / btt427 , PMID 23894139 .
  10. ^ Erzsébet Fichó, István Reményi și István Simon, MFIB: un depozit de complexe proteice cu pliere reciprocă indusă prin legare , în Bioinformatics (Oxford, Anglia) , vol. 33, nr. 22, 15 noiembrie 2017, pp. 3682–3684, DOI :10.1093 / bioinformatics / btx486 . Adus la 13 aprilie 2018 .
Adus de la „ https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=MoRFs&oldid=110231859 ”