NeuroLex

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare

NeuroLex este un lexic dinamic al conceptelor legate de neuroștiințe . [1] Structura sa este cea a unui wiki semantic , deoarece folosește Semantic MediaWiki ca motor de căutare . NeuroLex este susținut de proiectul Neuroscience Information Framework .

Rezumat

Scopul NeuroLex este de a ajuta la clarificarea și definirea termenilor folosiți de neurologi pentru a-și partaja datele ( http://neurolex.org/wiki/Category:Data_object ), astfel încât sistemele de informații precum NIF să poată găsi date mai ușor și să ofere mijloace mai puternice pentru integrarea datelor găsite în resursele distribuite. Unul dintre marile obstacole în calea integrării datelor în neuroștiințe este utilizarea unei terminologii deseori vagi, până la punctul de a fi inconsecventă în bazele de date și alte resurse ( http://neurolex.org/wiki/Category:Structured_knowledge_resource ) ca în literatura științifică ( http : //neurolex.org/wiki/Category: Literature_corpus ). Când aceiași termeni sunt folosiți pentru a desemna lucruri diferite, nu este ușor să răspundeți la întrebări care trebuie să consulte mai multe resurse. De exemplu, dacă trei baze de date au informații cu privire la genele care sunt exprimate în cortex , dar utilizează definiții diferite ale cortexului cerebral ( http://neurolex.org/wiki/Category:Cerebellar_cortex ), în cele din urmă aceste date nu pot fi comparate cu ușurință.

Utilizare în contextul Cadrului de informare a neuroștiințelor

NIF permite descoperirea și accesul la date și instrumente de cercetare publice disponibile pentru toată lumea din întreaga lume datorită unui mediu de rețea de calculatoare open source . Finanțat de NIH Blueprint for Neuroscience Research, [2] NIF permite oamenilor de știință și studenților să descopere resurse web globale în neuroștiințe care depășesc limitele tradiționale ale cunoștințelor - de la baze de date experimentale de neuroștiințe, baze de date clinice și de traducere, până la elementele de bază ale cunoașterii, atlase anatomice și diverse resurse genetice / genomice.

Spre deosebire de motoarele de căutare generale, NIF oferă un acces mai profund la un set mai concentrat de resurse, care este relevant pentru neurologie, utilizând strategii de căutare în neurologie „adaptate” și permițând accesul la conținut tradițional „Ascuns” din motoarele de căutare . Cadrul este un inventar dinamic de baze de date în neuroștiințe, adnotat și integrat cu un sistem unificat de terminologie biomedicală (de ex. NeuroLex ). NIF acceptă „ interogări ” bazate pe concepte plasate pe mai multe scale ale structurilor biologice și pe mai multe niveluri ale funcției biologice, facilitând căutarea și înțelegerea rezultatelor.

O interfață simplă de căutare este furnizată ca parte a NIF. Arhivat 1 aprilie 2009 la Internet Archive . la multe surse diferite de informații în neuroștiințe. Pentru a le face mai eficiente, NIF are un sistem care construiește ontologii pentru a ajuta la organizarea conceptelor de neuroștiințe în categorii ierarhice, de ex. declarând că un neuron este o celulă . Acest lucru îi ajută pe utilizatori să efectueze căutări mai eficiente și să organizeze și să înțeleagă informațiile prezentate ca răspuns. O adăugare importantă la aceasta este definirea clară și fără echivoc a tuturor termenilor utilizați pentru a descrie datele, de exemplu, termeni anatomici, tehnici, nume de organisme .

Conţinut

Primele intrări în NeuroLex au fost construite din ontologiile NIFSTD care au rezumat vocabularul anterior BIRNLex. În prezent, acestea conțin concepte variind de la anatomie macroscopică, la celule ale sistemului nervos ( http://neurolex.org/wiki/Category:Nervous_system ), la structuri subcelulare ( http://neurolex.org/wiki/Subcellular_Hierarchy ), la boli ( http://neurolex.org/wiki/Category:Disease ), fiziologie și tehnici de investigație. NIF îndeamnă comunitatea să adauge mai mult conținut și să corecteze și să actualizeze cei prezenți.

Notă

  1. ^ Conținutul inițial pentru acest articol a fost adaptat din proiectul NeuroLex, care este licențiat sub o licență de atribuire Creative Commons .
  2. ^ Planul NIH pentru cercetarea în neuroștiințe este un efort de cooperare între cele 16 institute, centre și birouri NIH care susțin cercetarea în neuroștiințe. Prin punerea în comun a resurselor și a expertizei, Blueprint susține dezvoltarea de noi instrumente, oportunități de instruire și alte resurse pentru a ajuta neurologii atât în ​​cercetarea de bază, cât și în cea clinică. Citiți mai multe despre Blueprint Arhivat 3 martie 2016 la Internet Archive ..

Bibliografie

Un articol care prezintă NIF a fost prezentat în numărul 3 (volumul 6) al publicației din septembrie 2008 Neuroinformatics :

  1. Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME, NIFSTD și vocabularele BIRNLex: construirea de ontologii cuprinzătoare pentru neuroștiințe , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 175–94, DOI : 10.1007 / s12021-008-9032-z , PMC 2743139 , PMID 18975148 .
  2. Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A , Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW.,The Neuroscience Information Framework: a Data and Knowledge Environment for Neuroscience , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 149–60, DOI : 10.1007 / s12021-008-9024-z , PMC 2661130 , PMID 18946742 .
  3. Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP,Terminologie pentru descoperirea datelor neuroștiinței: sintaxă multi-copac și semantică derivată de investigatori , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 161–74, DOI : 10.1007 / s12021-008-9029-7 , PMC 2663521 , PMID 18958630 .
  4. Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME,Acces federat la resurse de informații eterogene în Cadrul de informații despre neuroștiințe (NIF) , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 205-17, DOI : 10.1007 / s12021-008-9033-y , PMC 2689790 , PMID 18958629 .
  5. Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA,implementarea NeuroMorpho.Org of Neuroscience digitale: acoperire densă și integrarea cu NIF , în Neuroinformatics, vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 241–52, DOI : 10.1007 / s12021-008-9030-1 , PMC 2655120 , PMID 18949582 .
  6. Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL,brokerul NIF LinkOut: o resursă web pentru a facilita integrarea datelor federate utilizând identificatori NCBI , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 219-27, DOI : 10.1007 / s12021-008-9025-y , PMC 2704600 , PMID 18975149 .
  7. Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL,Probleme în proiectarea unei interfețe pilot de interogare bazate pe concept pentru cadrul informațional neuroinformatic , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 229–39, DOI : 10.1007 / s12021-008-9035-9 , PMC 2664632 , PMID 18953674 .
  8. Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW,Textpresso for neuroscience: căutarea textului integral a mii de lucrări de cercetare în neuroștiințe , în Neuroinformatică , vol. 6, nr. 3, septembrie 2008, pp. 195–204, DOI : 10.1007 / s12021-008-9031-0 , PMC 2666735 , PMID 18949581 .

linkuri externe

Adus de la „ https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=NeuroLex&oldid=122257487 ”