Polimorfism de conformare cu un singur filament

Un polimorfism de conformare monocatenară, ^[1] cunoscut și sub numele de SSCP (din moment ce „ polimorfismul de conformare monocatenar englezesc sau polimorfism cu lanț monocatenar) este definit ca diferența de conformație între două secvențe nucleotidice de lungime identică datorită diferențelor în compoziție a secvențelor în sine. Această calitate permite secvențelor să fie separate și distinse prin electroforeză pe gel.

Gel pe care s-au încărcat secvențe caracterizate de polimorfism de conformație monocatenară

Principiul de funcționare

O mutație punctuală (adică variația unui singur nucleotid) într-o secvență de ADN bicatenar nu poate fi distinsă prin electroforeză, deoarece proprietățile sale fizice sunt aproape aceleași pentru ambele alele. După denaturare, ADN monocatenar (ADNs), pliat în trei dimensiuni, presupune o conformație specifică secvenței. Diferența dintre formele celor două ssDNA (sălbatice și mutate) ajută la diferențierea distanței de migrație pe gel în timpul unei curse electroforetice, în ciuda lungimii identice.

Aplicații în biologia moleculară

Analiza SSCP a fost folosită în trecut ca metodă de identificare a noilor polimorfisme fără a fi necesară secvențierea ADN-ului , dar odată cu îmbunătățirea în ceea ce privește eficiența și acuratețea metodelor de secvențiere, nu mai este utilizată în acest scop. În prezent, SSCP sunt folosiți ca markeri de diagnostic în biologia moleculară pentru a identifica rapid frecvențele alelelor.

Analiza SSCP este, de asemenea, utilizată pe scară largă în virologie pentru a discrimina variabilitatea genetică între diferite tulpini virale, cu ideea că particulele virale precise prezente în ambele tulpini vor fi diferite din cauza mutațiilor și, prin urmare, diferențiate conform acestei metode. ^[2]

Notă