Portimonense SC a fost mult timp o prezență constantă în Liga Primeira , ajungând chiar pe locul cinci în 1984-85 , un an în care au reușit să tragă 0-0 acasă împotriva puterilor portugheze de fotbal precum Benfica și Porto . Această plasare le-a permis să participe la Cupa UEFAîn sezonul următor .
Cu toate acestea, în anii 1990 și 2000, clubul a jucat în principal în Segunda Liga , divizia a doua portugheză, cu o scurtă vrăjire și în Segunda Divisão, a treia divizie. Portimonense începe sezonul 2009-10 cu angolezul Lito Vidigal la conducere; conducerea sa nu a durat mult, iar când a mers la conducerea bancii União Leiria a fost înlocuit de aproape omonimul Litos, fost mijlocaș al Sporting Lisabona . Conducerea noului antrenor conduce echipa să termine sezonul pe poziția a doua în spatele Beira-Mar , câștigând astfel Liga Primeira după exact 20 de ani de absență. Dar, după doar un an, Portimonense a retrogradat în Liga de Honra. A terminat acest ultim campionat în ultima poziție retrogradând, de fapt, în Segunda Divisão. Exilul din Primeira Liga de această dată este mai scurt și în campionatul 2016-17 găsește promovarea în prima divizie națională.