SYBR Verde
| SYBR Verde | |
|---|---|
 | |
| Numele IUPAC | |
| SYBR Green I | |
| Denumiri alternative | |
| 2- [N- (3-dimetilaminopropil) -N-propilamino] -4- [2,3-dihidro-3-metil- (benzo-1,3-tiazol-2-il) -metiliden] -1-fenil- chinoliniu | |
| Caracteristici generale | |
| Formula moleculară sau brută | C 32 H 37 N 4 S |
| Masa moleculară ( u ) | 509,27 |
| numar CAS | |
| PubChem | 10436340 |
| ZÂMBETE | CCCN(CCCN(C)C)C1=[N+](C2=CC=CC=C2C(=C1)C=C3N(C4=CC=CC=C4S3)C)C5=CC=CC=C5 |
| Informații de siguranță | |
| Punct de flacără | 94 ° C (368 K) |
| Fraze H | --- |
| Sfaturi P | --- [1] |
SYBR Green I este un compus organic aromatic (formula moleculară C 32 H 37 N 4 S ) aparținând grupului cianinelor asimetrice, molecule cu activitate fluoroforă și este utilizat în biologia moleculară ca vopsea pentru acizi nucleici [2] [3] [ 4] .
Proprietate
SYBR Green I este un agent intercalant și se leagă preferențial de ADN dublu catenar (ADNd). Complexul ADN-colorant absoarbe lumina albastră la o lungime de undă λmax = 488 nm și emite lumină verde λmax = 522 nm. Alte vârfuri de absorbție, deși mai slabe, se găsesc în regiunea ultravioletă (λ = 284 nm și 382 nm).
Sensibilitatea sa mai mare (de până la 25 de ori) la detectarea acizilor nucleici împreună cu pericolul său mai mic determină utilizarea SYBR Green din ce în ce mai des ca alternativă la bromura de etidiu mai puțin costisitoare. De fapt, bromura este un mutagen puternic, în timp ce, oficial, SYBR Green este indicat ca nepericulos, deși trebuie tratat cu grijă datorită capacității sale de a se lega de ADN cu afinitate ridicată. O altă derives caracteristică favorabile din faptul că prezența moleculei ADN legat nu împiedică activitatea a numeroase enzime , inclusiv restricție enzime , ligazele și polimerazele ADN , nici nu împiedică transferul de acid nucleic la membrane pentru hibridizare. ( Southern blot ) dacă se adaugă 0,1% -0,3% SDS la tampoanele de hibridizare, molecula este, de asemenea , impermeabilă la membrană , adică capabilă să intre în celule încă în viață [5] [6] .
Utilizări ale SYBR Green
Proprietățile acestei molecule înseamnă că poate fi utilizată în mai multe scopuri în biologia moleculară, inclusiv:
- Cuantificări ADN (dublu catenar). SYBR-Green I se leagă preferențial ADN bicatenar și, prin urmare, nu este foarte potrivit pentru cuantificarea ARN-ului sau a altui ADN monocatenar contaminant (primer, dNTP derivat din PCR );
- Electroforeza pe gel ;
- PCR în timp real ;
- Test de viabilitate a culturii celulare .
În plus față de originalul SYBR Green, au fost dezvoltați și alți fluorofori similari care leagă acidul nucleic, inclusiv:
- SYBR Green II: Se leagă preferențial ADN monocatenar și ARN . Are caracteristici similare cu SYBR Green I, dar are un vârf de absorbție la 497 nm;
- SYBR Aur;
- SYBR Safe;
- YO (Oxazole Yellow, oxazole yellow);
- TO (Tiazol Portocaliu, Tiazol Portocaliu);
- PG (PicoGreen).
Notă
- ^ Sigma-Aldrich; rev. din 23.11.2012
- ^ Richard P. Haugland și colab. (1995): Coloranți de cianină nesimetrici substituiți ciclic. Brevetul US-5436134 .
- ^ Stephen T. Yue și colab. (1997): Coloranți de cianină nesimetrici substituiți cu permeabilitate selectată. Brevetul US-5658751 . Vopseaua nr. 211.
- ^ Zipper, H. și colab. (2004): Investigații privind intercalația ADN și legarea suprafeței de către SYBR Green I, determinarea structurii sale și implicațiile metodologice. În: Nucleic Acids Res.32 (12): e103. Entrez PubMed 15249599 PDF
- ^ Fișă produs Sigma
- ^ Dog PA, și colab. (1994) Utilizarea PCR în timp real și fluorimetrie pentru a detecta mutațiile asociate rezistenței lamivudinei în virusul hepatitei B. În „Antimicrob Agents Chemother. 43 (7): 1600-8 [1] Entrez PubMed 10390210
