Site-uri etichetate secvențial

Site- urile marcate cu secvență sau Site-urile cu secvență marcate sau STS constituie un tip de markeri genetici constând dintr-o secvență unică în genom , cu dimensiuni cuprinse între 200 și 300 de perechi de baze, care pot fi detectate prin PCR . ^[1]

Tipuri

La rândul lor, acestea pot fi clasificate în două tipuri, respectiv definite SCAR ( secvență caracterizată regiune amplificată ) ^[2] și CAPS ( secvențe polimorfe amplificate clivate ) ^[3] , pe baza modurilor de operare pentru detectare.

• SCAR : Sunt codominanți specifici locului. Acestea necesită utilizarea a doi primeri oligonucleotidici specifici locului derivați din secvența nucleotidică, obținută prin secvențierea , a unui fragment RAPD amplificat care corespunde unei trăsături de interes.

• CAPS : Majoritatea sunt codominante și specifice locului. În acest caz, fragmentul de interes RAPD este amplificat și tratat cu enzime de restricție . Polimorfismele rezidă în diferența de lungime a fragmentelor de restricție cauzate de SNP sau INDEL care creează sau elimină siturile de recunoaștere a endonucleazei de restricție în ampliconi.

Aplicații

Markerii STS pot fi utilizați pentru a detecta microdelecții (pierderi ale tractelor cromozomiale mici) sau pentru studii de evoluție și identificarea diversității genetice în rândul populațiilor. ^[1]

Notă

Bibliografie

• Vivi Yuskiant, Susumu Shiraishi; Markeri de secvență caracterizată de regiune amplificată (SCAR) în Sengon (Paraseriathes falcataria (L.) Nielsen; Jurnalul HAYATI de biosștiințe (2010) Vol. 17 nr. 4, p 167-172.
• Usha Kiran și colab.; Marcatori SCAR: un instrument potențial pentru autentificarea medicamentelor pe bază de plante; Fitoterapie (2010), 81 (8), 969-976.
• Avinash Marwal, Anurag Kumar, SahuR.K.Gaur; Markeri moleculari: instrument pentru analiza genetică; Biotehnologie animală, modele în descoperire și traducere; (2014), 289-305.
• https://www.prenatalsafe.it/microdelezioni-microduplicazioni

Elemente conexe

• Markeri genetici