Virgaviridae

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare
Progetto:Forme di vita/Come leggere il tassoboxCum să citiți caseta
Virgaviridae
TMV sub TEM.png
Transmiterea electronică a virusului mozaicului tutunului colorat cu acetat de uranil. Bara afișată are o lungime de 100 nm
Clasificare științifică
Domeniu Riboviria
Regatul Orthornavirae
Phylum Kitrinoviricota
Clasă Alsuviricete
Ordin Martellivirales
Familie Virgaviridae

Virgaviridae este o familie de viruși către SSRNA pozitiv de ordinul Martellivirales . Include viruși care infectează plantele, inclusiv primul virus descoperit, virusul mozaicului tutunului . Familia a fost înființată în 2007 în urma unor investigații filogenetice moleculare .

Structura

Virionul , lipsit de peplos , are formă de tijă (de unde etimologia numelui de familie, din latinescul virga , „tijă”), cu simetrie elicoidală cu canal axial. [1] Are un diametru de 20-25 nm, pasul măsoară aproximativ 2,5 nm și lungimea variază în funcție de sex. [2] [1] capsida este format din mai multe copii ale unei proteine de 17-24 kDa, în conformitate cu virusul, numit CP [2] și, în Furovirus și Pomovirus genurile, o proteină suplimentară care rezultă din readthrough ribozomal a opriți codonul genei care codifică proteina capsidei, numită CP-RT. [3]

Genomul

Genomul este compus din fire de ARN pozitive unice, cu numere variabile în funcție de sex. La capătul 5 „este un 7 m GpppG capac și capătul 3“, lipsit de o coadă poliadenilat , ia forma unui ARNt care leagă tirozina , valina și histidină din genurile Hordeivirus , Pomovirus și Tobamovirus respectiv . În genul Tobravirus nu leagă niciun aminoacizi. ORF mai mare codifică o proteină de replicare având domeniile metiltransferază , helicază . ARN replicaza este citită ca porțiune C-terminală a acestei proteine, cu excepția Hordeivirusurilor, care prezintă domeniul ARN replicază pe o altă moleculă de ARN. În funcție de gen, genomul codifică proteinele de mișcare (MP) ale superfamiliei „30K” sau proteinele cu bloc de gene triple (TGB). Organizarea genomului diferă în funcție de sex. [4] [5] [2]

Taxonomie

Familia a fost stabilită în 2007 , iar la momentul inclus 6 genuri ( Furovirus , Hordeivirus , Pecluvirus , Pomovirus , Tobamovirus și Tobravirus ) având următoarele caracteristici în comun: [6]

  • ARN monocatenar pozitiv cu o structură asemănătoare ARNt 3 'și fără coadă poli-A;
  • structură în formă de tijă cu un diametru de 20-25 nm și un canal central;
  • proteina de replicare a "supergrupului de alfavirus" [7] ;
  • 19-24 kDa proteină capsidă;
  • proteine ​​de mișcare ale superfamiliei 30K sau codificate de TGB.

Koonin și Dolja în 1993 au efectuat cercetări filogenetice prin analiza ARN polimerazei dependente de ARN (RdRp) și au obținut supergrupul 3 RdRp care a inclus trei linii filetice, inclusiv „Tobamo” care la rândul său conținea, pe lângă cele 6 genuri descrise mai sus, și Idaeovirusul , Bromoviridae și Closteroviridae . Analize mai recente privind RdRp, pe cele trei domenii de metiltransferază-helicază-RdRp condensate și pe întreaga proteină de replicare confirmă această subdiviziune, excluzând genul Benyvirus care, deși are unele caracteristici menționate mai sus, este în continuare filogenetic, precum și înzestrat cu o coadă poli-A și polimeraza sa este obținută prin proteoliză post-translațională. [6]

Analiza proteinelor de replicare, care alcătuiesc o mare parte din genomi, oferă cel mai bun arbore filogenetic al familiei, dar și celelalte gene permit corelarea genurilor. [6]

În 2015, un nou gen a fost adăugat familiei, Goravirus , care conține 2 specii, ceea ce arată o afinitate mai mare cu Pecluvirus și Hordeivirus, după cum arată analize filogenetice și proteice, care, totuși, au dat și procentul scăzut de secvențe de aminoacizi în comun și diferitele organizarea genomului, au sprijinit crearea unui nou gen. [8]

Notă

  1. ^ A b (EN) J. Michael Adams, John F. Antoniw și Jan Kreuze, Virgaviridae: o nouă familie de viruși vegetali în formă de tijă , în Archives of Virology, vol. 154, n. 12, 1 decembrie 2009, pp. 1967–1972, DOI : 10.1007 / s00705-009-0506-6 . Adus pe 19 iulie 2020 .
  2. ^ A b c (EN) Virgaviridae - Virgaviridae - Virusuri ARN cu sens pozitiv , ale Comitetului internațional pentru taxonomia virusurilor (ICTV). Adus pe 19 iulie 2020 .
  3. ^ GH Cowan, L Torrance și B Reavy, Detectarea proteinei de readversare a capsidei virusului de top al cartofului în particule de virus. , în Journal of General Virology ,, vol. 78, nr. 7, 1997, pp. 1779–1783, DOI : 10.1099 / 0022-1317-78-7-1779 . Adus pe 19 iulie 2020 .
  4. ^ Ulrich Melcher, superfamilia „30K” a proteinelor de mișcare virală , în Journal of General Virology , vol. 81, nr. 1, 2000, pp. 257-266, DOI : 10.1099 / 0022-1317-81-1-257 . Adus pe 19 iulie 2020 .
  5. ^ Sergey Yu. Morozov și Andrey G. Solovyev, Bloc de gene triple: proiectarea modulară a unei mașini multifuncționale pentru mișcarea virusului plantelor , în Journal of General Virology ,, vol. 84, nr. 6, 2003, pp. 1351–1366, DOI : 10.1099 / vir.0.18922-0 . Adus pe 19 iulie 2020 .
  6. ^ a b c Mike Adams și Jan Kreuze, Șablon pentru propunere taxonomică către Comitetul executiv ICTV Pentru a crea o nouă familie ( PDF ), la talk.ictvonline.org .
  7. ^ Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja și Dr. T. Jack Morris, Evoluție și taxonomie a virusurilor ARN cu catene pozitive: implicații ale analizei comparative a secvențelor de aminoacizi , în Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology , vol. 28, nr. 5, 1 ianuarie 1993, pp. 375-430, DOI : 10.3109 / 10409239309078440 . Adus pe 19 iulie 2020 .
  8. ^ Sekine și colab. , Creați un nou gen cu două specii noi din familia Virgaviridae ( PDF ), pe talk.ictvonline.org , aprilie 2015.

Alte proiecte

Adus de la „ https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=Virgaviridae&oldid=114424709 ”