Deschideți cadrul de citire
Open Reading Frame ( acronim ORF ), în contextul italian (sau cadru) lectura deschisă este cadrul de lectură care codifică o întreagă proteină , fără a întâlni premoni codoni stop și astfel formează o proteină trunchiată. ORF-urile sunt de obicei detectate prin deplasarea de-a lungul fragmentelor de ADN atunci când se caută localizarea unei gene . Având în vedere că există organisme care prezintă variații în secvența codonului de început , căutarea unui ORF poate fi diferită, folosind, de exemplu, algoritmi construiți pe toți genomii existenți (inclusiv pe cei modificați) și pe toate modurile de citire posibile.
Definiții
Există diferite definiții pentru un ORF: poate fi secvența delimitată a unui codon de start și a unui codon stop, dar și a două codoni stop (fiecare la începutul și sfârșitul ORF). [1] [2]
În genele eucariote cu exoni multipli, intronii sunt îndepărtați și exonii sunt uniți după transcripție pentru a produce ARNm final pentru traducerea proteinelor. Astfel, definiția ORF start-to-stop se aplică numai mARN-urilor după îmbinare , nu ADN-ului genomic. Intronii pot conține codoni de oprire și / sau pot provoca schimbări între cadrele de citire. Definiția alternativă spune că un ORF este o secvență care are o lungime divizibilă cu trei și este fără codoni stop. Această definiție mai generală poate fi utilă și în contextul transcriptomicii și metagenomicii , unde codonul de pornire și / sau de oprire poate să nu fie prezent în secvențele obținute. În acest caz, un ORF corespunde mai degrabă unei părți a unei gene decât genei complete.
Este bine cunoscut faptul că existența unui ORF, mai ales dacă este lung, este un bun indiciu al prezenței unei gene în secvența plasată în imediata apropiere. În acest caz, ORF în sine face parte din secvența care va fi tradusă de ribozomi , incluzând în toată lungimea sa și părțile care vor fi eliminate înainte de sinteza proteinelor , și anume intronii.
Uneori, un ORF este simplificat ca o secvență de codificare ADN (CDS). Un CDS este un fragment de ADN care codifică o proteină. Dar un ORF înseamnă un fragment de ADN care poate codifica o proteină potențială.
Căutarea ORF în procariote și eucariote
Odată ce secvența genică a fost stabilită, este important să se determine ORF corect. Pentru organismele cu ADN bicatenar, secvența poate fi stabilită în șase moduri de citire, trei într-o direcție și trei în direcția opusă. La organismele procariote , cea mai lungă secvență căreia îi lipsește un codon de terminare constituie efectiv un ORF.
Mai problematic este cazul organismelor eucariote , deoarece majoritatea ADN-ului conținut într-un ORF (cel constituit de fapt de introni) nu este tradus; acesta este motivul pentru care, în acest caz, un ORF poate fi găsit doar prin analiza ARNm odată ce a suferit procesul de îmbinare.
Relația cu secvența Kozak
În ADN, CDS se găsește în interiorul exonilor și începe cu o secvență destul de recurentă numită secvență Kozak , compusă din secvența ATG care poate apărea în 3 variante:
- Primul se prezintă în poziția -3 față de CDS, adică cu (-) nucleotidele prezente în secvență, o adenozină sau o guanină (de exemplu, A CG ATG )
- Al doilea prezintă o guanozină imediat după secvența de inițiere (de exemplu, ATG C G )
- Al treilea are o guanozină ( ATGG ) în poziția +3.
Aceste variante nu sunt auxiliare, dar pot avea o importanță considerabilă în alegerea secvenței care este tradusă, deoarece prezența acestora favorizează atașarea complexelor de traducere în anumite puncte comparativ cu altele, ceea ce este foarte important în secvențe care pot da potențial mai multe transcrieri.
Secvența CDS se termină în anumite secvențe, numite Stop, care corespund în general tripletului TGA.
Notă
Alte proiecte
-
Wikimedia Commons conține imagini sau alte fișiere pe cadrul de lectură Deschis
linkuri externe
- ( EN ) Programul de cercetare ORF , la ncbi.nlm.nih.gov .
- ( EN ) StarORF facilitează identificarea proteinelor codificate într-o secvență ADN , pe web.mit.edu .
- ( EN ) Traducere și cadre de lectură deschise , pe bioweb.uwlax.edu. .
