Metagenomică
Metagenomica este o abordare bazată pe utilizarea tehnicilor genomice moderne pentru studiul comunităților microbiene direct în mediul lor natural, evitând astfel problema colectării și cultivării în laborator.
Se bazează pe secvențierea genomului microorganismelor din același loc, a cărui analiză efectuată în habitatul lor natural se numește metagenom, pionierii acestei tehnici au fost Carl Woese și Norman Pace în 1981. Majoritatea acestor organisme sunt dificil de cultivat datorită datorită nevoilor lor speciale ( temperaturi foarte ridicate, presiune egală cu cea a fundului oceanic oceanic , concentrații saline ridicate etc.). Nefiind în măsură să cultive aceste forme de viață, este necesar să se preia un eșantion din locurile în care cresc în mod activ.
De exemplu, dacă sunteți în căutarea unui anumit microorganism producător de petrol , aveți nevoie de un burghiu central într-un teren unde știm că există un rezervor . ADN-ul prezent în toată proba este extras și se începe secvențierea. Vor exista genomi ai diferitelor organisme (inclusiv insecte și alte forme de viață), dar nu este atât de interes să mergi și să secvenționezi un anumit genom, ci doar să identifici acea genă care produce petrol. Această tehnică poate fi, de asemenea, aplicată în mod evident căutării unui nou antibiotic , pentru producătorii de metan etc.
Etimologie
Termenul „metagenomică” a fost folosit pentru prima dată de Jo Handelsman, Jon Clardy, Robert M. Goodman, Sean F. Brady și alții într-o publicație din 1998 . Termenul Metagenom se referă la ideea că o colecție de gene secvențiate din mediu poate fi analizată în același mod în care este studiat un singur genom . Recent, Kevin Chen și Lior Pachter (cercetători de la Universitatea din California, Berkeley ) au definit metagenomica ca fiind aplicarea tehnicilor moderne de genomică fără a fi nevoie să se izoleze și să se cultive singure specii în laborator ”.
Bibliografie
- Robert A. Edwards și Forest Rohwer, Metagenomica virală , în Nature reviews. Microbiologie , vol. 3, nr. 6, Springer Science and Business Media LLC, 10 mai 2005, pp. 504-510, DOI : 10.1038 / nrmicro1163 , ISSN 1740-1526 , PMID 15886693 .
- JIANPING XU, Ecologia microbiană în era genomicii și metagenomiei: concepte, instrumente și progrese recente , în ecologia moleculară , vol. 15, nr. 7, Wiley, 8 martie 2006, pp. 1713–1731, DOI : 10.1111 / j.1365-294x.2006.02882.x , ISSN 0962-1083 , PMID 16689892 .
Elemente conexe
linkuri externe
- Mai multe informații , pe journaletecnologico.it . Adus la 22 aprilie 2007 (arhivat din original la 28 septembrie 2007) .
