În sezonul de război 1943-1944, Pavia a jucat în grupa F din Serie C Lombardia, cu 17 puncte a câștigat grupa în fața Codogno cu 12 puncte, în grupa semifinală cu 7 puncte s-a calificat în grupa finală unde a fost plasat pe locul cinci cu 6 puncte, runda finală a fost câștigată de Legnano cu 13 puncte înaintea lui Lecco cu 11 puncte.
În 1944, evoluția conflictului a forțat să desfășoare activități de fotbal doar cu caracter regional și neoficial. Pavia participă la un turneu lombard din Serie C în care joacă un rol principal. Pietro Fortunati apare ca secretar în asociația albastră care are sediul la Caffè Rinascenza din Strada Nuova și va fi cel mai reprezentativ manager al acesteia timp de trei decenii. Pavia antrenat de Dr. Azzoni folosește întăriri importante pe măsură ce fotbalul oficial este oprit, precum fundașii Mario Acerbi din Roma și Battista Andreoni din Atalanta, atacanții Mario Trezzi din Milano, Francesco Alberti din Brescia și Antonio Vismara din Liguria și în cele din urmă mijlocașul Giovanni Braga de la Redaelli. În plus, în meciurile din runda finală pot alinia fostul național Sergio Marchi din Genova. Bombardamentele aeriene asupra orașelor din nord agravează situația, iar CONI este obligată să suspende orice activitate sportivă în august, când mai rămăsese o singură zi pentru runda finală.
^Turneu de război mixt 1943-1944 organizat de Direttorio II Zona (Lombardia) la care au fost admise echipele din Serie C, Prima și a doua Divizie Regională. Turneul (nu a fost un campionat și nu a atribuit niciun titlu regional) a fost suspendat în a patra zi de întoarcere a rundei finale de către Ministerul Culturii Populare din Roma (Min.Cul.Pop.) Din cauza bombardamentelor repetate din nordul Italiei și Lombardia.
^Meciul atribuit ulterior (2-0) prin decizia judecătorului de sport din cauza poziției neregulate a jucătorului Carlo Annovazzi. Pe teren s-a terminat cu scorul de (2-2).
^Jucat pe terenul neutru al lui Sesto San Giovanni.