Activitatea oficială a fost suspendată, contractele jucătorilor au fost declarate suspendate. Datorită împărțirii Italiei cauzată de Linia gotică, mulți jucători s-au trezit incapabili să se întoarcă în orașele lor. Aceasta a însemnat că în Turneul de Război (așa cum s-a numit campionatul) mulți sportivi se căsătoresc acolo unde au putut. În cazul Atalantei, a existat întoarcerea lui Giuseppe Bonomi de la Roma și a lui Arnaldo Salvi de la Cremonese și au existat multe completări din partea echipei de rezervă.
La 16 ianuarie 1944 , a început prima fază a campionatului, care prevedea diviziunea regională a echipelor. Atalanta a terminat pe locul opt și pe ultimul loc, neputând astfel să continue la faza următoare.
Turneul de război nu a fost valid în scopuri statistice.