Degradare Edman

Degradarea Edman , numită după Pehr Edman, care a dezvoltat-o, este o metodă care vă permite să secvențați aminoacizii prezenți în peptide . Acest lucru permite tăierea unui singur reziduu, cel N-terminal, care, împreună cu fenilizotiocianatul (PITC) formează o feniltiohidantoină ușor identificabilă cu tehnici analitice simple.

Mecanism de reacție

Feniltioizocianatul reacționează cu gruparea amino a reziduului de aminoacizi N-terminal transformându-l într-un aduct feniltiocarbamil; legătura ulterioară apropiată de PTC este ruptă prin tratament cu acid trifluoroacetic în mediu anhidru cu eliberare de aminoacid N-terminal ca derivat anilinotioazolinic. Derivatul de aminoacizi este extras cu solvenți organici, transformat în forma de feniltiohidantoină mai stabilă prin tratament cu acizi diluați și apoi identificat. Derivatul de aminoacizi este extras prin tratament cu solvenți organici. Lanțul polipeptidic rămas va avea acum al doilea aminoacid al lanțului polipeptidic inițial la capătul amino. Prin repetarea ciclului, se pot identifica următorii aminoacizi; prin intermediul unor utilaje specializate, până la 50 de reziduuri pot fi secvențiate complet automat folosind echipamente cunoscute sub numele de secvențieri.

Limite

Deoarece fiabilitatea reacției este în prezent de 99% pentru fiecare ciclu de reacție, nu este posibilă secvențierea peptidelor cu o lungime mai mare de 50 de aminoacizi . Mai mult, punțile disulfură interferează cu PITC. Prin urmare, este necesar atât fragmentarea lanțului polipeptidic, cât și eliminarea punților disulfură. Pentru fragmentare, pot fi utilizate metode enzimatice sau chimice. Pentru a sparge punțile disulfură, se utilizează oxidări cu acid performic sau reduceri cu ditiotreitol sau beta-mercaptoetanol .