A fost fondată în 1893 și s-a alăturat Ligii de fotbal în 1920 . Interzis din Divizia a 3-a de Sud în favoarea Ipswich Town la sfârșitul sezonului 1937-1938 , a revenit în liga superioară 12 ani mai târziu, după ce a extins liga de la 88 la 92 de cluburi. La sfârșitul anilor 1980, a ajuns aproape de două ori la promovarea în a doua divizie, dar o perioadă ulterioară de declin a condus compania la aproape retrogradarea la Conferința de fotbal din 1993 . Din 2000 până în 2005 a jucat în a doua serie pentru prima și singura dată din istoria sa, ajungând la cea mai bună poziție în 2002-2003, cu locul unsprezece. Sezonul 2012-2013 este sezonul renașterii pentru Gillingham, care a terminat pe locul 1 în Football League Two cu 91 de puncte și a atins prima promovare istorică în League One.