După ce a închis sezonul precedent pe locul doi în Serie C1, apoi a pierdut semifinala play-off cu Brescello, Pisa se află la linia de start a Seriei C1 2000-2001 cu scopul declarat de a urca în Serie B. Președinții Gerbi și Posarelli confirmă pe Francesco D'Arrigo pe bancă. Sezonul lui Nerazzurri, însă, este foarte diferit de ambițiile din ajun și ajung numeroase rezultate alternative, care vor face echipa să navigheze pe tot parcursul sezonului în mijlocul mesei, tot datorită unui atac steril (care la sfârșitul anului cu doar 26 de goluri vor fi al doilea cel mai rău din întregul grup); una dintre puținele satisfacții pentru fanii nerazzurri va rămâne victoria cu 1-0 obținută în februarie departe de Lucchese . În martie, imposibilitatea de a ajunge la play-off este deja sigură. La 25 martie 2001, în timpul derby-ului intern cu Livorno, o porțiune de suporteri a organizat un protest împotriva jucătorilor și cluburilor, cu locuri în tribune care au ajuns pe teren și apoi se confruntă cu poliția în afara stadionului. Toate acestea vor costa înfrângerea 0-2 cu Livorno și apoi descalificarea terenului până la finalul campionatului. Pisa se trezește astfel nevoită să joace toate ultimele jocuri ale campionatului, în siguranță care nu a fost încă atinsă, departe de publicul prietenos. În cursele următoare, echipa continuă tendința fluctuantă și va câștiga salvarea matematică doar în penultima zi (după ce a câștigat 1-0 în deplasare cu Carrarese ), închizând astfel sezonul pe locul 11.
Francesco D'Arrigo
Mehdi Foudil
José Luis Moretti Sánchez 
Arezzo 
Cesena 
Lumezzane 
Brescello 
Lucchese 
Varese 
Ei cresc Virescit 
Carrarese 
Como