Clubul s-a născut în 1996 din fuziunea a două echipe de amatori din oraș, Rodina și Novator. A intrat de drept în campionatul rus de amatori. Din 150 de echipe care aspirau la promovare, doar una putea fi promovată în divizia a treia. Khimki a reușit în întreprindere învingându-l pe Energy Ulyanovsk în finală la penalty-uri .
Astfel, la 30 ianuarie 1997 , Khimki a devenit un club profesionist. Tot în acel an echipa a terminat pe locul doi și a fost promovată la Vtoroj divizion, a treia divizie a campionatului rus, datorită suprimării Tret'ja Liga[1] .
Khimki a fost promovat la Pervyj divizion (cea de-a doua serie rusă) în 2000 : după ce a câștigat atât grupul central [2] în play-off, au fost învinși în dubla confruntare de Severstal 'Čerepovec[3] , care a renunțat totuși la joc categoria superioară, permițând promovarea lui Khimki.
Performanțele echipei s-au îmbunătățit de la an la an: în 2005 a terminat în zona de promovare, pe locul patru cu doar patru puncte, ceea ce a însemnat promovarea la prima clasă [4] ; în același sezon, de fapt, a ajuns în finala Cupei bătută de CSKA Moscova (0-1) [5] .
Echipa a fost promovată în Prem'er-Liga în 2006, unde a jucat până în 2009, obținând și un al nouălea loc în 2007.
Rusia
Igor 'Čerevčenko
