Merops (baza de date)
Merops (redat grafic ca MEROPS ) este o bază de date creată în 1994, care grupează ierarhic peptidaze . Acestea sunt clasificate în specii de proteine, familii și subfamilii.
Clasificare
Proteazele sunt clasificate în specii sau clanuri pe baza sitului lor catalitic: printre acestea putem menționa, printre altele, aspartatul endopeptidaze , cisteina endopeptidazele , serina endopeptidazele . Această clasificare datează din studiile efectuate de Hartley în 1960. [1] Fiecare peptidaze este de asemenea atribuită unei familii bazate pe similarități semnificative statistic în aminoacizi secvența și toate familiile considerate a fi omoloage sunt grupate în aceeași specie. Mai mult, se pot distinge și subfamilii formate din proteaze ale aceleiași familii și deosebit de omoloage una cu cealaltă. De exemplu, dacă doriți să căutați proteaza plantei papaină , va trebui să căutați specia de cisteină endopeptidază , numită CA, în care este identificată familia C1 (numită „familia papainei ”), în cadrul căreia se află este posibil să se distingă subfamilia A, în care se introduce la rândul său papaină. Fiecare protează are un cod unic care o identifică, caracterizată printr-o literă și un număr, de exemplu, papaina este inserată cu codul C01.001.
Utilitate
Baza de date oferă câteva informații de bază cu privire la fiecare protează conținută în aceasta, referitoare la clasificare și nomenclatură și activitate (de exemplu, situl catalitic sau utilizarea industrială sau farmaceutică). În plus, sunt furnizate informații mai detaliate, inclusiv:
- Specificitatea sitului catalitic (la care se exercită aminoacizii acțiunea enzimatică);
- Link-uri către pagini suplimentare care prezintă identificatori de secvență și structură (dacă sunt cunoscuți);
- Lista inhibitorilor de protează în cauză;
- Referințe bibliografice și multe altele.
Inhibitori de protează
În biologie, echilibrul dintre peptidaze și inhibitorii lor este de obicei de cea mai mare importanță: baza de date MEROPS oferă informații despre inhibitorii peptidazelor, precum și enzimele în sine. O întreagă secțiune este de fapt dedicată inhibitorilor, care sunt atribuiți familiilor și clanurilor în același mod ca peptidazele. Din nou, MEROPS oferă alinieri de secvențe, arbori filogenetici și fișiere de literatură.
Bibliografie
- https://www.ebi.ac.uk/merops/
- Rawlings ND și colab. MEROPS: baza de date a peptidazei; Cercetarea acizilor nucleici, 2010, Vol. 38, ediția bazei de date D227 - D233.
Notă
- ^ Hartley BS. Enzime proteolitice. Revizuirea anuală a biochimiei. 1960; 29: 45-72.