După ce a retrogradat din Liga de fotbal la sfârșitul sezonului 2003/04, York City a pierdut playoff-ul în fața lui Morecambe în 2006/2007 și a pierdut finala FA Trophy în 2008/2009.
Clubul a jucat, de asemenea, un rol important în contribuția la avansarea carierei unor jucători în ultimii ani, în special Clayton Donaldson și Martyn Woolford. Clubul joacă în prezent în Bootham Crescent, care în ultimii ani a fost numit Kit Kat Crescent după ce clubul a oferit drepturile de nume Nestlé . Cu toate acestea, clubul avansează acum cu un plan de construire a unui nou stadion până în 2015. Orașul York este deținut în prezent de JM Packaging Ltd (75%) și de City York Supporters Trust (25%).