În sezonul 1988-1989, Como a jucat al treisprezecelea campionat din Serie A din istoria sa. Adunând 22 de puncte, nu a reușit să evite ultimul loc în clasament, retrogradând în Serie B cu Pisa, Pescara și Torino. Începe sezonul antrenat de Rino Marchesi , Como nu începe prost în liga, până în ianuarie rămâne împletit în mijlocul mesei, apoi ajunge un declin lent, la mijlocul lunii aprilie antrenorul este înlocuit de Angelo Pereni , într-o încercare să scuture mediul echipei și să poată menține în continuare categoria, așa cum a reușit Como de patru sezoane. Dar inerția rămâne aceeași până la finalul turneului. În runda a doua, Como a adunat doar 9 puncte în 17 jocuri, un verdict. Cu 7 goluri, Marco Simone a fost cel mai bun marcator din Larian.
În Cupa Italiei, Como dispută cea de-a cincea rundă de calificare, trecând la faza a doua datorită locului trei obținut în spatele Romei și Monza. În runda a șasea a celei de-a doua faze a terminat primul cu Ascoli, dar a pierdut pasajul spre sferturile de finală prin diferența de goluri.
Tricouri și sponsori
Sponsorul tehnic pentru sezonul 1988-1989 a fost Adidas , în timp ce sponsorul oficial a fost Mita.