Etichetă izobarică pentru cuantificare relativă și absolută

De la Wikipedia, enciclopedia liberă.
Salt la navigare Salt la căutare
Kit 8plex iTRAQ

Eticheta izobarică pentru cuantificarea relativă și absolută (în engleză : Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation, acronim iTRAQ ) este o abordare de etichetare isobarică utilizată în proteomica cantitativă. Folosind o spectrometrie de masă în tandem , se realizează o cuantificare comparativă a proteinelor din diferite probe printr-un singur experiment. [1] [2] [3] Exploatează izotopii non-radioactivi care pot fi legați covalent la capătul N-terminal și pe lanțurile laterale la nivelul reziduurilor amino.

Procedură

Metoda ITRAQ se bazează pe ligarea covalentă a etichetelor cu masă diferită la capătul N-terminal și pe lanțurile laterale la nivelul reziduurilor amino ale peptidelor obținute prin digestia proteomului . În prezent, există doi reactivi principali utilizați: 4-plex și 8-plex, care pot eticheta toate tipurile de peptide care provin și din probe diferite. [ fără sursă ]

Aceste probe sunt apoi amestecate împreună și separate prin cromatografie lichidă și analizate în spectrometrie de masă tandem (MS / MS). O căutare în baze de date in silico , utilizând datele de fragmentare, permite identificarea peptidelor marcate și, prin urmare, a proteinelor corespunzătoare.

Fragmentarea etichetei generează un ion reporter cu masă moleculară mică , care poate fi exploatat pentru a cuantifica relativ peptidele și proteinele din care au fost generate. Cu alte cuvinte, întrucât cuantificarea relativă devine utilă atunci când trebuie să evaluăm expresia proteomică diferită din două eșantioane, comparând nivelurile de ion reporter prezente, voi putea recunoaște ce probă are această proteină în cantitate mai mare.

Evaluarea datelor

Semnalele ionilor reporter din fiecare spectru MS / MS permit calcularea abundenței relative (raportului) peptidelor identificate prin acest spectru. [ necesită citare ] Datele referitoare la abundența ionilor reporter pot include mai mult de un semnal, deci vor trebui să fie integrate într-un fel într-o histogramă .

Spectrele MS / MS sunt, în general, analizate prin software-ul gratuit de deconvoluție: i-Tracker [4] și jTraqX. [5]

Notă

  1. ^ Ross PL, Huang YN, Marquis JN, Williamson B, Parker K, Hattan S, Khainovski N, Pillai S, Dey S, Daniels S, Purkayastha S, Juhasz P, Martin S, Bartlet-Jones M, He F, Jacobson A , Pappin DJ, Cuantificarea multiplexată a proteinelor în Saccharomyces cerevisiae utilizând reactivi de marcare izobarică reactivă la amină , în Mol. Cell. Proteomics , voi. 3, nr. 12, 2004, pp. 1154–69, DOI : 10.1074 / mcp.M400129-MCP200 , PMID 15385600 .
  2. ^ Zieske LR, O perspectivă asupra utilizării tehnologiei reactive iTRAQ pentru complexul de proteine ​​și studii de profilare , în J. Exp. Bot. , vol. 57, nr. 7, 2006, pp. 1501–8, DOI : 10.1093 / jxb / erj168 , PMID 16574745 .
  3. ^ Gafken PR, Lampe PD,Metodologii pentru caracterizarea fosfoproteinelor prin spectrometrie de masă , în Cell Commun. Adeziv. , vol. 13, 5-6, 2006, pp. 249–62, DOI : 10.1080 / 15419060601077917 , PMC 2185548 , PMID 17162667 .
  4. ^ vol. 6, DOI : 10.1186 / 1471-2164-6-145 , PMID 16242023 , https://oadoi.org/10.1186/1471-2164-6-145 .
  5. ^ Muth, T., și colab., JTraqX: a Free, Platform Independent Tool for Isobaric Tag Quantitation at the Protein Level , Proteomics, 2010, 10 (6): 1223-1225, DOI : 10.1002 / pmic.200900374

Elemente conexe

linkuri externe

Adus din „ https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=Isobaric_label_for_relative_and_absolute_quantificazione&oldid=110019621 ”